民事案件指纹鉴定程序是：1．先申请立案；2．立案时或进入诉讼程序后写司法鉴定申请书，提交法庭；3．等待法官通知选择司法鉴定机构，一般采摇号方式较公平；4．鉴定前可以向鉴定提交当事人或律师鉴定意见和理由；5．收取鉴定结果，一般1－3月左右，复杂的可能时间长一些。按捺指印的作用：一、指纹捺印人捺印指纹是为了证明自己已经完成的行为，如遗嘱、析产协议中通过在签名上加盖指纹来表明自己真实自愿。二、指纹捺印人捺印指纹只是为了符合信任要求，如承诺书、借贷条的当事人，通过捺印指纹以取得对方的信任。三、办理某种手续必须遵循的程序，如公证、房产交易等。