如果村干部没有按照规定及时收取承包费用，可以考虑以下处理方式：
与村干部进行沟通：首先应与村干部进行沟通，了解其为何没有及时收取承包费用的原因。有可能是因为工作繁忙或其他原因导致的延误。在了解情况的基础上，可以协商解决方案，例如给予村干部适当的缓冲时间来完成收取工作。
2.责令其及时收取：如果沟通无果，可以向上级主管部门或上级组织反映情况，要求对村干部进行责令收取承包费用的指示。同时可以在村民代表大会上提出议案，促使村干部及时履行职责。
3.追究责任：如果村干部拒不履行职责，可以依法追究其责任。可以向上级主管部门或司法机关申请行政或刑事责任追究，以保障村民的合法权益。
总之，村干部作为基层管理者，应当认真履行职责，及时收取承包费用，确保村集体的利益和村民的权益。如果其出现不履职的情况，需要及时采取措施，以维护社会公正和法律权威。