企业进行股权投资要么产生投资收益，要么导致投资亏损，其中股权投资损失包括股权持有损失和股权处置损失。关于股权投资损失的税务处理，《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）及《财政部、国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕57号）等一系列相关文件都进行了明确。
股权处置损失的税务处理：
根据国税发〔2000〕118号文件和国税函〔2008〕264号文件的规定，每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和股权投资转让所得，超过部分可向以后纳税年度结转扣除。但企业股权投资转让损失连续向后结转5年仍不能从股权投资收益和股权投资转让所得中扣除的，准予在该股权投资转让年度后第6年一次性扣除。
另外，根据《国家税务总局关于做好2008年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函〔2009〕55号）有关企业所得税政策和征管问题的规定，对新税法实施以前财政部、国家税务总局发布的企业所得税有关的政策性文件，应以新税法以及新税法实施后发布的相关规章、规范性文件为准。由于资产损失扣除政策属于与企业所得税有关的政策性文件，因而企业对于发生在2008年及其以后年度的股权投资处置损失，可在发生的当年一次性扣除。
五类股权投资持有损失可税前扣除：
对于股权持有损失，只要不符合财税〔2009〕57号文件及《企业所得税法》第十条第七项所规定的股权持有期间所确认的损失，一般是不允许税前扣除的。
根据企业支出的相关性及据实扣除原则，财税〔2009〕57号文件进一步规定，自2008年1月1日起，股权投资损失作为资产损失，是指企业在生产经营活动中实际发生的、与取得应税收入有关的资产损失。企业的股权投资持有期间符合下列五类情形之一的，减除可收回金额后确认的无法收回的股权投资，可以作为股权投资损失在计算应纳税所得额时扣除。这五类情形是：
1、被投资方依法宣告破产、关闭、解散、被撤销，或者被依法注销、吊销营业执照的；
2、被投资方财务状况严重恶化，累计发生巨额亏损，已连续停止经营3年以上，且无重新恢复经营改组计划的；
3、对被投资方不具有控制权，投资期限届满或者投资期限已超过10年，且被投资单位因连续3年经营亏损导致资不抵债的；
4、被投资方财务状况严重恶化，累计发生巨额亏损，已完成清算或清算期超过3年以上的；
5、国务院财政、税务主管部门规定的其他条件。
以上五种情形下的股权投资持有损失由被投资单位的经营情况决定，其股权持有期间发生的损失，只要符合了上述条件就可以确认为财产损失，直接税前扣除，而不受国税发〔2000〕118号文件和国税函〔2008〕264号文件有关股权转让损失结转扣除的规定。
股权投资资产减值损失不允许税前扣除：
根据《企业所得税法》第十条第七项以及《企业所得税法实施条例》第五十五条规定，凡不符合国务院财政、税务主管部门规定的各项资产减值准备、风险准备等准备金支出在计算应纳税所得额时不得扣除。企业长期股权投资持有期间所核算的资产减值准备不得在税前扣除。
另外，根据《企业所得税法实施条例》第三十二条、财税〔2009〕57号文件第十一条的规定，企业在计算应纳税所得额时已经扣除的资产损失，在以后纳税年度全部或者部分收回时，其收回部分应当作收入计入收回当期的应纳税所得额。对企业已提取减值的资产，如果申报纳税时已调增应纳税所得，因价值恢复或转让处置有关资产而冲销的准备，根据国家税务总局关于执行《企业会计制度》需要明确的有关所得税问题的通知（国税发〔2003〕第45号）应允许企业做相反的纳税调整。也就是说，可以调减当期的应纳税所得额。
因此，企业在对股权投资损失进行税务处理时应区分股权处置损失和股权持有损失两种情形，应以2008年为时间界限，正确适用国税发〔2000〕118号、国税函〔2008〕264号、财税〔2009〕57号以及国税函〔2009〕55号等文件对上述两种情形下，股权投资损失的当期扣除与结转扣除的不同规定。对会计处理与税收处理差异应在纳税申报中及时进行纳税调整。