武汉科技工程学院和武汉工程科技学院是两所不同的独立学院，它们的主要区别在于隶属关系、办学层次和专业设置等方面。
首先，武汉科技工程学院是一所独立设置的民办普通本科高等学校，而武汉工程科技学院则是一所经教育部批准的全日制普通本科高等学校。这两所学院的隶属关系和性质不同，因此在教学资源、政策支持等方面也会有所不同。
其次，两所学院的办学层次也有所不同。武汉工程科技学院以本科教育为主，同时也有部分专科教育，而武汉科技工程学院的办学层次则更加广泛，涵盖了本科、专科、成人教育等多个层次。
最后，两所学院的专业设置也有所不同。武汉科技工程学院主要开设工学、管理学、文学、艺术学等学科门类的专业，而武汉工程科技学院则主要以工学为主，兼有管理学、文学、经济学等学科门类的专业。
综上所述，武汉科技工程学院和武汉工程科技学院虽然都是独立学院，但在隶属关系、办学层次和专业设置等方面都有所不同。因此，在选择学院时，应该根据自己的兴趣和发展方向，结合学院的特色和优势来进行选择。