徐福并不被认为是日本人的祖先，但他的一些后代在日本繁衍生息。据徐福的第七世孙秦福寿所述，徐福在孝灵天皇时期抵达了日本，先到了筑紫（九州），然后是南岛（四国）和不二山（富士山）。据说徐福将他的七个儿子改成了日本姓氏，并将他们派往不同的地方。这导致徐福的子孙在日本各地扩散并逐渐增多。徐福自己则自称为秦国的徐福。许多带有秦、福、羽田、波田、波多、畑、畠等字样的姓氏和地名，都被认为与徐福及其随行人员的后代有关。饭野先生的说法是，这些资料由徐福的第七代直系孙秦福寿记录并传承下来。建久三年三月，山宫二所大神宫司宫下源大夫义仁所抄写的《宫下富士古文书》中的《人皇七代孝灵天皇证》有所记载。
徐福与日本历史的关系在《史记》的“淮南衡山列传”中有所描述，其中提到了徐福从东南沿海前往蓬莱，与海神的对话，以及海神要求童男童女作为礼物的事情。这通常被认为是徐福对秦始皇的借口。文中还提到，徐福再次出海时携带了谷种，并有百工随行。他们到达了“平原广泽”（可能是日本九州岛），徐福发现当地气候宜人、风景优美、人民友好，于是决定停下脚步，自立为王，教导当地人农耕、捕鱼、捕鲸以及造纸等技术，之后便没有返回。
与“秦始皇本纪”相比，“淮南衡山列传”中的记载有所不同，它指出徐福并非一开始就带着数千童男童女出海，而是在寻找仙家多年未果之后，才带领数千男女再度出海。
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