广东海洋大学图书馆在管理上展现出前瞻性和高效性。自1995年起，图书馆引入了深圳大学的图书馆管理软件，这一举措使得图书馆的运营实现了全面的网络化计算机化管理，包括采购、编目、流通、期刊管理和馆藏检索等重要环节，极大地提升了管理效率。
2001年，广东海洋大学图书馆进一步接轨国际标准，加入了以STCW78/95国际公约为基础的学校船员教育和培训质量管理体系，这表明了图书馆在教育和培训领域的专业性和规范性，对于提升服务质量具有重要意义。
2006年，图书馆更上一层楼，建立了ISO9001：2000质量管理体系，这是中国首个由国家认证认可委员会（CNAB）授权的深圳环通质量认证中心进行第三方审核并通过的图书馆。这一成就使广东海洋大学图书馆成为广东省乃至全国范围内，以图书馆身份独立获得此质量管理体系资格认证的先驱，标志着其管理水平达到了新的高度，步入了科学化和体系化的快速发展轨道。
广东海洋大学图书馆的历史源于1935年创立的广东省立汕头高级水产职业学校。70多年来学校几度迁徙和易名，图书馆事业在曲折中不断发展。1997年1月，随着原湛江水产学院和原湛江农业专科学校实质合并，湛江海洋大学图书馆成立。2002年4月，原湛江气象学校图书馆并入，湛江海洋大学图书馆由此覆盖了主校区、霞山校区和海滨校区。2005年6月，湛江海洋大学图书馆随校名变更为广东海洋大学图书馆。