楼主你好，我觉得原因挺多，这里就给你说几个我曾经看到过或者遇到过的常见原因吧
1.产物对宿主菌有毒害作用，这个一般体现在一些抗生素啊什么的上面，还有就是一些内切酶类，能够切断宿主DNA。
2.产物表达量过高，形成包涵体。这样在破碎的上清液中就只能收到少量的蛋白了。
3.载体的选择，以及载体上启动子的效率低也会影响，如果载体是低拷贝质粒的话表达量也会较少。
4.还有可能你导入的是真核的基因，在原核的系统里少了一些修饰，可能容易被降解。
希望对你有帮助，望采纳，谢谢~
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