日本政府奖学金留学生有以下3种招生方式。
1.大使馆推荐 2.大学推荐 3.日本国内录取（ 1、2可在中国国内申请）
大使馆推荐
通过日本驻外大使馆招生的方式称为“大使馆推荐”。在中国不直接面向个人招生，需要通过中国教育部下属的国家留学基金管理委员会进行申请，所以请先向所在大学确认，也可直接咨询国家留学基金管理委员会。在中国通过“大使馆推荐”可申请到以下五种项目。
研究留学生（博士生）奖学金项目
青年领导者项目（YLP）
教员研修留学生
日本语、日本文化研修留学生
专修学校留学生
（注意）以上五种项目只有第1项目面向社会公开招生，第2-5项目为非公开招生。有关报名办法等请咨询国家留学基金管理委员会。
1．研究留学生（博士生）奖学金项目
未满35岁，硕士毕业或即将毕业者。本项目在其他国家虽可申请到硕士项目，但根据与中国政府的协议，在中国只能申请博士项目。（硕士项目请通过“大学推荐”或“日本国内录取”两种方式申请）。
本项目有两部分：
（a）日本政府（文部科学省）博士生奖学金生项目（110名）
报名时间为每年3月，4～6月考试(书面审查、面试)，合格人员由大使馆通过外务省推荐给文部科学省。
其中日语能力不足的学生，从当年秋季开始赴长春留日预备学校（东北师范大学内）学习十个月左右的日语后，于第二年10月赴日留学。
（b）日本政府日本研究博士生奖学金项目
本项目对象为进行日本相关研究人员，对日语要求高，录取人数较少，于报名后下一年的4月赴日。无须到留日预备学校学习日语。
2．青年领导者项目（YLP）
招生对象为有望成为国家领导级人物的青年行政官员或企业职员，原则上未满35岁或40岁（各专业对年龄要求不同），具有大学学历并有3～5年行政机关或企业等机构的工作经历者。此项目一般1年即可取得硕士学历，全部英语授课。
YLP现有5种课程，不同课程的学校对工作经历的年数、推荐机构等要求有所不同。面向中国人的有行政、地方行政、经营和法律四个课程。
行政、地方行政：政策研究大学院大学（GRIPS）—— YLP简介（日语/英语）
经营：一桥大学 —— YLP简介（英语）
法律：九州大学 —— YLP简介（英语）
招生时间为每年8月~10月，第二年1月~3月在北京面试，考试结果5月公布，合格者于10月赴日留学。
3．教员研修留学生
未满35岁，大学或师范类学校毕业；为初、中等教育机构的在职教师或本国中等师范类学校的教师(在职的大学教师除外)，并有5年以上工作经验者。
报名时间为每年2月—3月，3月考试，通过考试人员由大使馆推荐给文部科学省，8月公布合格人员名单，当年10月赴日。留学时间为一年半。
4．日本语、日本文化研修留学生
18岁以上30岁以下，赴日时及留学结束归国时为日本以外国家大学的日语、日本文化专业的在读大学生。在中国一般招收日语相关专业的大学二年级学生。
报名时间为每年2月—3月，3月考试，通过考试人员由大使馆推荐给文部科学省，8月公布合格人员名单，当年10月赴日。留学时间为一年。
5．专修学校留学生
17岁以上22岁以下，在学校修完12年教育课程（或相当于日本高中的学校课程）者(含即将毕业者)。
每年招生时间为6月~7月，7月~8月考试，通过考试人员由大使馆推荐给文部科学省，12月公布合格人员名单，于第二年4月赴日。
（注意）专修学校为专业技能教育机构，毕业生学历相当于中国的专科。在日本有通过考试专升本（一般插班到大学本科3年级）的制度。
通过“大学推荐”的招生与选拔考试
根据大学间的校际交流协定，通过接收大学向文部科学省推荐，以国费交换留学生的身份赴日的方式称为“大学推荐”。主要为研究留学生和日语、日本文化研修留学生。
由大学推荐的国费外国留学生的赴日时期，研究留学生原则上为10月， 日语、日本文化研修留学生要看接收大学的安排，原则上也为10月。大学推荐的时间大概在2月-3月截止。
此推荐途径由中国的大学直接同日本的大学办理各种手续，请直接咨询各自所在的大学。
日本国内录取的招生
日本国内大学在读的自费留学生，通过所属大学推荐被录取为国费外国留学生的方式为“国内录取”。录取对象为即将升入或已在日本的大学院正式课程在读的自费留学生。招生主体为各国立、公立及私立大学（短期大学除外）。各校经过严格选拔，挑选出品学兼优的学生，于每年11月下旬前向文部科学省推荐。通过选拔者自4月起成为国费留学生。