平阴县财政局设有多个职能科室，包括办公室、综合科（兼法规税政科）、预算科（兼国库科）、行财社保科、农业科以及两个专门办公室：县财政监督办公室和县行政事业资产管理办公室。
办公室负责全局日常工作的组织协调，包括人事管理、文件起草、信息宣传、安全保密等综合事务，以及负责财务和资产管理、教育培训和离退休人员服务等工作。同时，它还承担“金财工程”的推广和计算机网络管理等工作。
综合科负责宏观经济分析、非税收入管理、行政事业收费、土地矿产资源收入政策制定，以及会计工作研究和管理等职责。
预算科负责县级及乡镇财政收入协调，预算编制、审核和调整，以及财政收支平衡的建议和支出绩效评价。此外，它还负责组织预算执行和国库管理，以及政府采购工作的指导和监督。
行财社保科研究行政事业经费制度，审核部门预算，管理社会保障预算，负责农村义务教育经费保障机制改革，参与社会保障政策制定等。
农业科负责农口部门预算和专项资金管理，包括农业综合开发资金和政策性农业贷款贴息。同时，它还负责契税和耕地占用税的征收管理，以及乡镇财政财务管理。
企业科则关注企业财务管理，提出财政扶持政策，监督企业执行财务规定，管理相关专项资金，并负责企业财务信息分析。
财政监督办公室负责财政法规执行监督，财政违法行为查处，以及协调财税审计工作，处理来信来访。
行政事业资产管理办公室负责国有资产管理，包括产权登记、资产处置和收益监管。
农业综合开发办公室则专注于农业综合开发项目的规划和实施。
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