在2004年4月上旬，山西省农业环境检测中心对太原市30多家蔬菜批发市场、超市及生产基地采集的76个蔬菜样品进行了化验。令人震惊的是，其中有45个样品农药、重金属等指标超标，占比达到惊人的59.2%。叶类蔬菜如白菜、菠菜的超标情况尤为严重，与西红柿、茄子等果类蔬菜相比更为显著，甚至有部分样品中重金属汞含量超出正常值一倍以上。长期食用受农业污染的汞食物可能导致慢性汞中毒，患者可能出现体力下降、记忆力减退、头昏、情绪波动、睡眠质量下降等症状。因此，我国对食品中的汞含量设置了极为严格的限制。
农业生产中，农民为了提高土壤肥力，大量使用化肥。然而，化肥使用过程中，仅有三分之一被作物吸收，三分之一进入大气，剩余三分之一滞留在土壤中。这种过度和不合理的化肥施用，导致了掠夺性开发，不仅没有达到增产目的，反而破坏了土壤结构，引发土壤板结，地力逐渐下降。
随着畜牧业规模养殖的快速增长，牲畜粪便带来的农业污染问题也日益严峻。许多养殖场的粪便处理设施不足，直接倾倒进河流或随意堆放，进入水体或地下水后，会大量消耗氧气，破坏水体生态，形成严重的“有机污染”。据统计，一头牛产生的粪便污染废水量相当于22个人的生活废水，而一头猪产生的污水则相当于7个人的生活废水，对农业生产造成严重影响。
农业污染。是指农村地区在农业生产和居民生活过程中产生的、未经合理处置的污染物对水体、土壤和空气及农产品造成的污染，具有位置、途径、数量不确定，随机性大，发布范围广，防治难度大等特点。主要来源有两个方面：一是农村居民生活废物，包括农业生产过程中不合理使用而流失的农药、化肥、残留在农田中的农用薄膜和处置不当的农业畜禽粪便、恶臭气体以及不科学的水产养殖等产生的水体污染物。