显微镜的分类：
A.显微镜又因其观察物体的不同，使用行业的不同把显微镜分为：生物显微镜，体视显微镜，金相显微镜，偏光显微镜，荧光显微镜。
B.显微镜还可分为：正置显微镜和例置显微镜，这是按照工作台（观察物体）与显微镜物镜的位置关系区分的。
正置金相显微镜：工作台（观察物体）在显微镜物镜下方，观察体面朝上，观察体高度大小受到工作进程限制。多用于
观察体不大或不高的物体，如各种电子芯片等。
例置显微镜：有些观察物体空间太大或者镜头从上无法调下去，把显微镜物镜放在工作台（观察体）的下方，即工作台
在物镜上方，观察体面朝下。观察体高度大小不受工作台行程限制。如观察一些较大的矿石，陶瓷，金属块等。
电子显微镜
电子显微镜有与光学显微镜相似的基本结构特征，但它有着比光学显微镜高得多的对物体的放大及分辨本领，它将电子流作为一种新的光源，使物体成像。
自1938年Ruska发明第一台透射电子显微镜至今，除了透射电镜本身的性能不断的提高外，还发展了其他多种类型的电镜。如扫描电镜、分析电镜、超高压电镜等。
结合各种电镜样品制备技术，可对样品进行多方面的结构 或结构与功能关系的深入研究。显微镜被用来观察微小物体的图像。常用于生物、医药及微小粒子的观测。电子显微镜可把物体放大到200万倍。
台式显微镜,主要是指传统式的显微镜,是纯光学放大，其放大倍率较高，成像质量较好，但一般体积较大,不便于移动,多应用于实验室内,不便外出或现场检测。
光学显微镜
通常皆由光学部分、照明部分和机械部分组成。无疑光学部分是最为关键的，它由目镜和物镜组成。早于1590年，荷兰和意大利的眼镜制造者已经造出类似显微镜的放大仪器。
光学显微镜的种类很多，主要有明视野显微镜(普通光学显微镜)、暗视野显微镜、荧光显微镜、相差显微镜、激光扫描共聚焦显微镜、偏光显微镜、微分干涉差显微镜、倒置显微镜。
便携式显微镜
便携式显微镜,主要是近几年发展出来的数码显微镜与视频显微镜系列的延伸。和传统光学放大不同,手持式显微镜都是数码放大,其一般追求便携,小巧而精致,便于携带;且有的'手持式显微镜有自己的屏幕,可脱离电脑主机独立成像,操作方便,还可集成一些数码功能,如支持拍照,录像,或图像对比,测量等功能。
数码液晶显微镜，最早是由博宇公司研发生产的，该显微镜保留了光学显微镜的清晰，汇集了数码显微镜的强大拓展、视频显微镜的直观显示和便携式显微镜的简洁方便等优点。
扫描隧道显微镜
扫描隧道显微镜亦称为“扫描穿隧式显微镜”、“隧道扫描显微镜”，是一种利用量子理论中的隧道效应探测物质表面结构的仪器。它于1981年由格尔德·宾宁(G.Binning)及海因里希·罗雷尔(H.Rohrer)在IBM位于瑞士苏黎世的苏黎世实验室发明，两位发明者因此与恩斯特·鲁斯卡分享了1986年诺贝尔物理学奖。
它作为一种扫描探针显微术工具，扫描隧道显微镜可以让科学家观察和定位单个原子，它具有比它的同类原子力显微镜更加高的分辨率。此外，扫描隧道显微镜在低温下(4K)可以利用探针尖端精确操纵原子，因此它在纳米科技既是重要的测量工具又是加工工具。
STM使人类第一次能够实时地观察单个原子在物质表面的排列状态和与表面电子行为有关的物化性质，在表面科学、材料科学、生命科学等领域的研究中有着重大的意义和广泛的应用前景，被国际科学界公认为20世纪80年代世界十大科技成就之一。
光学显微镜的选择要看用户的具体需求，需求不同选择的配置自然也不一样。光学显微镜有多种不同的分类方法，简单的说按照目镜的数目可分为三目，双目和单目显微镜；
按图像是否有立体感可分为立体视觉和非立体视觉显微镜；
按观察对像可分为生物和金相显微镜等。
按光学原理可分为偏光，相衬和微分干涉对比显微镜等；
按光源类型可分为普通光、荧光、红外光和激光显微镜等；
按接收器类型可分为目视、摄影和电视显微镜等。
常用的显微镜有双目连续变倍体视显微镜、金相显微镜、偏光显微镜、紫外荧光显微镜等。
