文书司法鉴定的理论、方法依据及运用如下：
一、定义:
文书司法鉴定是指专门鉴定文书材料真实性、合法性、准确性等问题的一种司法活动。其目的是为法律运用提供可靠的证据和依据，保证司法公正和正当程序的进行。
二、理论基础:
1、证据学理论：
文书作为一种证据形式之一，需要遵循证据收集、分析和评价的基本原则。例如，原始性原则要求鉴定文书必须是原件或与原件具有同等效力；完整性原则要求文书的内容不能被删除、涂改或篡改等。
2、法律原则：
鉴定过程需遵守相关法律法规，如刑事诉讼法、民事诉讼法等，以确保鉴定活动的合法性和可靠性。
3、鉴定学原理：
文书鉴定需要依据鉴定学原理，如笔迹学、印章学、古文字学、图像处理学等知识，通过专业技术手段对文书材料进行细致研究和分析。
三、方法依据:
1、检验鉴定：
通过技术手段对文书的物理性质、构造、材料等进行检验，以确定其真实性和合法性。如使用刑事鉴定中的法医学技术对文件的墨迹进行分析。
2、鉴定比对：
将待鉴定的文书与已知真实文书进行比对，通过对比文书的特征、格式、语言风格等方面的差异与相似性，进行鉴定。例如，根据字迹、用词特点等比对文书真伪。
3、技术鉴定：
利用先进的科学技术手段，如计算机取证、图像处理、声音鉴定等，对文书的数字信息、声音、影像等进行分析和鉴定。例如，在互联网时代下，对电子文书的真实性进行技术鉴定。
四、运用方式:
1、刑事案件鉴定：
在刑事案件中，文书司法鉴定可以对犯罪嫌疑人的供述、笔记、书信等文书证据进行真伪鉴定，为法官作出正确的判决提供依据。
2、民事案件鉴定：
在民事诉讼中，文书司法鉴定可以对合同、文件、证明材料等进行真实性、完整性等方面的鉴定，保障当事人合法权益，维护社会公平正义。
3、行政案件鉴定：
在行政管理中，文书司法鉴定可以对涉及行政行为合法性的文书进行鉴定，确保行政程序的合法性和公正性。
文书司法鉴定是一项重要的司法活动，其理论基础包括证据学理论、法律原则和鉴定学原理。鉴定方法主要包括检验鉴定、鉴定比对和技术鉴定。在刑事、民事和行政案件中都有广泛的运用，以确保司法公正和正当程序的进行。