《包青天之情牵阴阳界》讲述了康焚生被人陷害，在了然和尚的帮助下复活九天，之后包青天为康焚生申冤的故事。
包公代天巡狩，中途遇袭不幸负伤自悬崖滚下，醒来时发现身在一农家之中，包公此时却失去记忆，无法忆起一切往事，唯有暂时寄住在农家中，度过了一段平静、安逸的日子。这户人家姓康，男主人康焚生是一名医师，女主人名倩娘，是一个贤慧娴淑的妇道人家。
康焚生精于医道，有济世为怀的慈悲心肠，近年来他为了研究邓九公长生医药宝典，以造福世人，特地离开了家人，一个人上了百里以外的飞鹅山，潜心苦修子，除了母督的生日和过年两个大日子，从不下山一步，倩娘全心支持焚生的宏愿，一个人独力支持家中生计，任劳任怨，夫妻二人相互敬重。
另一方面，展昭等人因包公失了踪而心焦如焚，四出寻找，而包公的对头，也是这次阴谋策划杀害包公的大国师应兆麟也想比展昭等人早一步找到包公，以免功亏一篑，双方各尽所能，务求出奇制胜。
有一天深夜，康焚生突然回到定中，他当时面色苍白，神容憔悴，心中似有难言之隐，但倩娘问起，焚生只是苦笑，并安慰倩娘遁只是因旅游受寒，身体不适而已，焚生回到家，行为与常人不同，每日鸡鸣即睡，天黑始起，也不轻易和其它人说话，只是埋首写作，倩娘虽满腹疑团，但也没有深究。
有一天，包公夜不能寝，起床散步，看到焚生的房中尚有灯光，遂进入焚生房中和焚生交谈，当他知道焚生写书济世的伟大心愿，对焚生甚有好感，二人遂成莫逆之交，焚生也尽力为包公治疗伤病，希望能令他回复记忆。
日子一天一天过去了，焚生的行为举止越来越古怪身上的皮肤也渐渐剥落，倩娘以为焚生得了怪病，心中因忧虑而病倒。焚生终逼不得已，把事情始末告诉了包公，希望包公能助他一臂之力，让他渡过最后难关。
焚生在山上苦修时，不料飞来横祸，当地县衙的师爷邓文通，也是焚生的同窗，知道焚生医术高明，特向县太爷推荐他为县太爷最宠爱的三姨太治疗，焚生难以推却，唯有下山行医。三姨太见焚生一表人材，高大英俊，起了爱慕之心，对焚生多番挑逗，焚生对倩娘一往情深，对三姨太的挑逗视若无睹。
有一天，三姨太遭人奸杀，所有证据均显示是焚生所为，焚生有口难辩，县太爷遂把焚生判了死刑，当地的刽子手曾受过焚生的大恩，同时也深信焚生的为人，但却没有办法可以帮助焚生洗脱罪名。
而焚生所着的九公长生宝典只欠最后几章便可完成，刽子手为焚生完成此一愿，遂以古传的护尸法授以焚生，故焚生虽死而精神不灭，撑着一口气连夜赶回家中看望亲人，更借着最后的日子坚持把长生宝典完成。
包公听完焚生所述，心中大为感动，答应替焚生掩饰此事，并会亲到开封府，伙他找著名的包青天替他申冤。包公来到开封府找包青天，不料却被应兆麟的手下发现，应兆麟欲杀害包公，但包公命大福厚，几番危难均能躲过，最后展昭等人也及时找到包公，将他救回开封府。
包公在公孙策的治疗下，恢复了记忆，应兆麟算出包公忌辰已过，难以再杀害包公，唯有暂时罢手。包公回复往日神威，一行人浩浩荡荡赶往黄石乡，彻查康焚生的冤案。在包公的英明断案之下，焚生冤案真情大白，杀害三姨太的人，正是焚生的同窗邓文通。
他知道焚生所着的「长生宝典」乃是无价之宝，故设计害死焚生，好谋夺焚生的长生宝典，包公将邓文通以狗头铡处死，为康焚生报了仇。
这时，康焚生也在精神即将毁灭的最后一天完成了长生宝典的述作，他含着泪把事情的真相告诉倩娘，倩娘肝肠欲断，在黎明时分送焚生回阴间，夫妻二人凄然话别，从此阴阳永隔。
包拯幼年丧失父母，由嫂娘养大。这次展昭意外受伤，让包拯体会到嫂娘照顾自己的辛苦，决定把展昭带回家养伤。展昭和包拯从小一起长大，感情深厚，但包拯对展昭的照顾却不是轻松容易，展昭的轻描淡写让包拯吃尽苦头。而此时，包拯发现一连串的怪事出现在他们身边，小村子里的怪事让包拯他们头痛不已，这些事情让包拯觉得和展昭扯上关系，让循规蹈矩的包拯困扰不已。同时，南侠展昭的传言在江湖上逐渐扩散，让包拯压力益增。之后他们发现康焚生和九天玄女之间的秘密。
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