在清朝，是总督权力大，还是巡抚权力大？这本来不是一个问题，看级别就可以了。
总督如果不加兵部尚书衔的话，是正二品，加衔的话是从一品。而巡抚（不包括山东巡抚）不加兵部侍郎衔，是从二品，加了衔是从一品。
除了四川总督，其他总督都管着至少两个省。比如两江总督就管江苏、安徽、江西三省，闽浙总督管福建、浙江两省，两广总督管广西、广西。巡抚呢？只能管一个省（山东巡抚只管山东，但和总督平级）。
看上去，自然就是总督权力比巡抚大了。
但是，有句老话：强龙压不过地头蛇。如果该总督驻地，和某省巡抚的驻地在同一城市，那就热闹了。总督和巡抚同驻一城，在全国有四例，分别是：
福州，驻有闽浙总督与福建巡抚。
武昌，驻有湖广总督与湖北巡抚。
昆明，驻有云贵总督与云南巡抚。
广州，驻有两广总督与广东巡抚。
有人说两江总督不是驻在南京吗？没错，但问题在于，驻在江苏南京的，是安徽巡抚（1760年以前）。而江苏巡抚，驻在苏州。所以，当两江总督就没有这方面的顾虑。不用把精力放在和巡抚无休止的勾心斗角上。
以两广总督为例。
两广总督衙门在广州，广东巡抚衙门也在广州。那么，在广州城，谁的话语权更大呢？总督说我级别高，当然要听我的。巡抚则冷笑：宛平县都能管朝廷，广州首先在广东巡抚治下，其次才轮到两广总督管，当然要听巡抚的。
嘉庆九年，1804年，那彦成出任两广总督。那彦成的家世可不简单，他的祖父是乾隆朝大学士阿桂。不久后，原广西巡抚百龄调到广东任巡抚。
那彦成和百龄向来不对付，二人管理区域在广州城重叠，争权夺利，斗得脸红脖子粗。那彦成级别高于百龄，可在广东地面上，他说的话，还真不一定有百龄管用。那彦成要想管好两广，必须扳倒百龄。
百龄为人正直，但有时用刑过猛，出过人命。那彦成就以此事攻击百龄，说他法外用刑，给朝廷抹黑。嘉庆帝是百龄的政治恩人，但百龄毕竟做错了，不好护短，就罢掉百龄职务，到实录馆抄书去了。那彦成以为自己在广州可以呼风唤雨了，可新来的广东巡抚孙玉庭同样不是省油的灯。孙玉庭清楚，不搞掉那彦成，自己就是百龄第二。孙玉庭开始搜集那彦成的把柄。有吗？还真有！
那彦成在两广政绩卓著。但是，他却和百龄相反，滥赏无度。在剿灭了广东海域的海盗后，为了收服这些人，那彦成花钱或以许官的方式，招降五千多名海盗。这本来不算坏事，毕竟平定海盗事大。可是，孙玉庭却抓住这件事，猛攻那彦成慷朝廷之慨，为自己捞好名声。孙玉庭知道嘉庆心疼钱，火上烧油的说：这些冥顽不化的海盗不是真心悔过，而是贪图朝廷的血汗钱。嘉庆帝觉得孙玉庭说的有道理，就把那彦成给罢免了，发配到新疆伊犁。虽然不久后，那彦成又升了官，但却没有再回两广。
两广总督是谁呢？吴熊光、永保之后，竟是百龄。按理说，那彦成搞掉百龄，孙玉庭又搞掉那彦成，百龄应该感激孙玉庭才对。不好意思，百龄是总督，他必须搞掉巡抚，否则自己坐不稳。百龄攻击孙玉庭对朝廷不说实话，结果，孙玉庭被罢了官。
客观讲，不论是那彦成，百龄，还是孙玉庭，都是能员干吏，对朝廷都很忠诚。但他们所处的位置，决定了他们在总督位置上，必须搞掉巡抚；在巡抚位置上，必须搞掉总督。
这样的督抚恶斗，在这四个省城经常上演。还有一例，湖北巡抚胡林翼是科甲出身，瞧不上内务府出身的湖广总督官文。胡林翼暗中收集了很多对官文不利的证据，比如军费支出不透明。胡林翼有曾国藩等人支持，只要奏折递到皇帝手里，就是官文不倒，也够他喝三壶醋的。
在奏折递出之前，幕僚劝胡林翼冷静。说就算你赢了如何，万一皇帝再派其他旗人官员呢？你接着弹劾？你忙得过来吗？有官文在你头上，出了什么事，你可以拿他当挡箭牌。
听人劝吃饱饭。胡林翼这才明白自己做得有点激进。于是折节，与官文成了好朋友。官文知道胡林翼官场朋友多，为了能干点实事，还得让胡林翼多出头。胡林翼在官场上给足官文面子，官文也不利用总督权力卡胡林翼，二人互相利用，效果竟然不错。
这位幕僚是谁呢？阎敬铭，当过户部尚书，是有名的“铁公鸡”。慈禧不顾北洋水师发展，要挪库银修建清漪园，被阎敬铭强硬拒绝：臣没钱！ 慈禧大怒，说没钱？那你滚！阎敬铭站起来说：臣是人，不会滚，会走！说完拂袖而去。
总督和巡抚不对付，主要是权力边界没有划清，模糊空间较大所致。