菩提祖师可以说是《西游记》当中第一神秘的人物，在给孙悟空授艺完后就再也没有出现过了，在将孙悟空赶走之前，还对孙悟空说道：
你这去，定生不良。凭你怎么惹祸行凶，却不许说是我的徒弟，你说出半个字来，我就知之，把你这猢狲剥皮锉骨，将神魂贬在九幽之处，教你万劫不得翻身！
警告孙悟空不允许在外面说自己的名字。（是的，孙悟空出去后是没有再说自己是菩提祖师的徒搭，但是他至少说了两三次自己是灵台山老仙长，拜方寸祖为师……这是玩文字游戏么。）在央视版的《西游记》当中，孙悟空偷吃人参果，推倒宝树之后又去找过一次菩提祖师，但是没有找到，只收到系统提示：茫茫南海，必有医树仙方……但是在原著当中是没有这个情节的。在孙悟空被驱逐之后，就再也没有菩提的消息了。
菩提祖师去了哪里呢？曾经看到过一个言论，我感觉可以解释这一点：
菩提祖师居住在“灵台方寸山，斜月三星洞。”灵台和方寸都是心的一种说法，而斜月三星更是心的写法。很明显地说明，菩提祖师与心是分不开的。而“菩提”一词出自佛教用语，是大智慧的意思。所以有人提出过这么个说法，菩提祖师根本就是不存在的，是孙悟空背后的存在幻化出来为孙悟空做启蒙的，菩提祖师就是孙悟空的心头之神，孙悟空学艺的过程就是孙悟空自我启蒙的过程。
而孙悟空为什么会被驱逐呢？表面上是因为孙悟空在同门师兄弟面前卖弄，被菩提祖师赶走了，但是这个理由明显有些牵强啊。实际上还跟混世魔王有关系，只见孙悟空回到花果山，见到的是：忽听得鹤唳猿啼，鹤唳声冲霄汉外，猿啼悲切甚伤情。原来是有个混世魔王过来抢地盘了。
我们看看混世魔王的地盘描写：孙悟空向北飞去，看到笔峰挺立透空霄，曲涧深沉通地户。两崖花木争奇，几处松篁斗翠。左边龙熟熟驯驯，右边虎平平伏伏。每见铁牛耕，常有金钱种。幽禽睍睆声，丹凤朝阳立。石磷磷，波净净，古怪跷蹊真恶狞。世上名山无数多，花开花谢繁还众。争如此景永长存，八节四时浑不动。诚为三界坎源山，滋养五行水脏洞。
诚为三界坎源山，滋养五行水脏洞。在《易经象辞》当中，坎为水，水长流不滞，源就是源头。对应的是肾。坎源山和水脏洞指的就是人体当中的肾脏（所以水脏洞中的脏念五脏的脏而不是肮脏的脏。）同时我们再看看，水脏洞是在北边，也和五行中的北水相对应的。而南边则对应的是五行中的火和心，八卦中是离卦。正好孙悟空是心猿，练就火眼金睛，怕水。
在中医当中，心和肾的关系非常的密切，心肾之间相互依存，相互制约，称之为心肾相交，又称水火相济、坎离交济。心主血，肾藏精，而孙悟空杀死混世魔王，就是收回命门，返本归原，所以书中写道：贯通一姓身归本，只待荣迁仙箓名。是孙悟空净化自身，回归本源的一个过程。