北京协和医学院-清华大学医学部专业特色显著，致力于培养具有全面素养的高层次医学人才。该专业采用八年一贯制教育模式，本硕博融合，课程设置注重基础与技能的平衡，强调临床、科研能力的培养。
在前两年半的医学预科阶段，学生在北京清华大学学习广泛的自然科学、社会科学和人文科学课程。接着的五年半医学本科阶段，学生在协和本部深入学习基础医学和临床医学，包括临床实习、科研训练及撰写毕业论文。成绩优异者有机会获取医学博士学位。
特别地，部分优秀毕业生可参与双学位项目，即医学博士与理学博士（M.D. & Ph.D.）课程，通过额外三年的学习，强化科研能力，最终获得理学博士学位，成为兼具临床实践与科研实力的复合型人才。
课程设计分为四个阶段：医学预科、基础医学、临床医学和临床实习科研训练。主干学科包括生物学、基础医学和临床医学，涵盖高等数学、物理学等基础课程，以及人体解剖学、病理学等临床核心课程。
北京协和医学院拥有丰富的临床教学基地，如北京协和医院、北京阜外心血管病医院等，以及天坛医院、航天科技医院等教学医院。护理学院作为国内最早实施护理教育的学校，提供从本科到专科的全面教育，实习基地包括北京协和医院、北京阜外医院等临床护理机构和社区护理基地。
2007年5月18日，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”；鉴于与清华大学紧密合作办学的需要，同时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”的名称，接受教育部、卫生部双重领导，其原有的隶属领导关系、资产关系和经费管理体制保持不变。