七十年代 经国务院批准，1978年7月25日成立中国种子公司，公司与农林部种子局合署办公，两块牌子一套人马，集行政、技术、经营职能于一体。农林部刘锡庚副部长兼公司总经理。 公司按照国务院部署，构建系统的组织结构，开展了全国性的系统内部培训，制定了“四化一供”供种服务体系，替代了原有“四自一辅”的供种方式，率先开展种子对外贸易业务，为中国种业的发展奠定了基础，使种子行业从自繁自育阶段走上种子产业发展道路。
八十年代 1985年，国家实行种粮脱钩政策，促进了种子产业的发展。1988年，公司与全国种子总站分设，机构、职能、人、财、物完全分开，成为农牧渔业部部属企业，完成了职能的转变。
九十年代 以国家实施“种子工程”为契机，按种子产业化发展的要求，以种子育繁推一体化为目标，公司改变了以贸易、对外合作制种为主的经营格局，形成了以大田作物为主的产业发展态势。尤其是在玉米制种工作中率先开发了我国目前最具优势的“河西走廊”玉米制种基地，建设了国内最大的现代化种子加工中心。 1999年10月公司与农业部脱钩，成为中央企业。
二十一世纪以来 2000年12月《种子法》颁布实施，公司进行了劳动、工资、人事三项制度改革，公司进入一个新的发展阶段。 2003年公司隶属于国务院国资委管理。 2007年6月13日，经国务院批准，中种公司与中国中化集团公司重组，成为其全资子企业。重组后，在中化集团的资源优势及科学的管理体系支持下，公司大力推行管理改善和企业文化的融合，制定了三年战略规划，建立了前、中、后台风险管控体系，狠抓生产环节的标准化作业及生产质量的控制，构建了一体化的研发及营销模式，重点培育以水稻、玉米、小麦、向日葵、蔬菜为主的五大业务，并布局与之匹配的销售网络，整体实力和产业地位迅速提升。
