仁者见仁智者见智，但简单口号式的“中国完胜，中国最好”“中国虽然比不上，但差不了多少”并不能说明什么。我的比较可能明显偏向日本，请注意鉴别，带着批判的眼光来阅读。
农业：从总量来看肯定是中国绝对优势。
但是这几年耕地连年减少，战略储备粮数据虚报，搞不好就快变成净进口国，里面或许有点猫腻。同时，广大中西部省份农耕技术相对落后，农民面朝黄土背朝天、靠天吃饭的情况依旧没有改变，农业税的免除也未给农民带来太多实惠。而且现在农药、化肥、转基因技术的过度应用也使得农产品质量不断下降。
很明显的例子就是泰国和日本的大米比本国大米香，而且贵。
日本这边走的是少而精的路线。据我所知，日本的农业在80年代已经实现了现代化，在本国那不足国土10%的耕地上大规模应用农业生产机械，进行高效作业。而且日本对于产品要求很严格，基本都是所谓的有机食品。
同时，进口食品的价格相对便宜，但是讲究“原产地”的日本人还是很热衷于购买当地土产食品（这点不是很好，比如台湾产的龙虾，在日本伊势地区的海里游几圈就成了“伊势龙虾”，价格倍增）。
日本的农民很有钱，衣食住行一样的现代化（虽然没有城里人那么潮）。
工业：
制造业还是一样，中国是世界工厂，总量绝对优势。而且重工业产品的高质量很有保证。
但是在总量中占大头的中低档轻工业产品在外国算是地摊货。“中国制造”在国外有口皆碑，很遗憾就是做不出高档品牌。要知道“中国制造”不等于“中国品牌”。
各种山寨、伪劣层出不穷，虽饱受诟病，但囿于国内收入普遍低下，还是占据着一大块市场。
目前日本缺乏劳动力，所以在中国由农民工完成的生产工作，在日本大都由机械流水线完成。
各种技术（比如机器人、光学仪器、家用电器）相对也较为先进。
例子也很简单，日本目前有清扫机器人，仿生机器人，中国没有这种技术。中国、韩国的液晶显示器，其屏幕都是日本技术。中国科学院地球化学研究所的电子显微镜，是日本三鹰重工生产的，研究员亲口告诉我们国内没有这么高的清晰度。小到学生计算器，最高档，显示最贴近自然的是卡西欧和索尼的，而国产的某牌子虽然是教材（北师大版）选用，老师推荐，还是没几个人买。
没错，中国在高端领域（比如航天）和日本没有多少差距。但是在中低档产品（恰恰是和民生最贴近的领域）上实在是太缺乏先进技术。
经济：
从总量来看，去年中国世界第二，日本第三。可以说这是改革开放三十多年造就的经济奇迹。
遗憾的是，中国的经济当中，有很大一块是被过热的房地产吹胀起来的，只消哪天市场破灭（参考荷兰的郁金香狂热与日本80年代泡沫经济崩溃），搞不好又是人仰马翻、一塌糊涂。中国的经济结构越来越依仗钱生钱、空对空的金融，实业方面基本是在吃家底，这个危险信号已经引起了国家的注意，但是调控很艰难。
不知道，当年邓爷爷把新中国第一支股票送给美国贵宾时，有没有预料到今天的情景。
日本已经连续衰退十几二十年了，依旧是瘦死的骆驼比马大。顺带一提，日本的经济当中第三产业比重很高，其中动漫、游戏以及周边产业是支柱。中国也想搞，可惜没有广大相对富裕的国民阶层作为消费基础，只好在总理的号召下大家胡搞一阵“动漫基地”便告吹。这种产业毕竟只能是基础好了再搞着玩，顺便创收，说垮也垮得快。
军事：我不了解。中国应该是亚洲第一。
如果能够解决内部的各种问题的话。。。
日本那支名不正言不顺的自卫队据说是装备很先进，训练很差劲。自卫官们像来军训的学生、白领，就是不像军队，齐步都走不齐。
地理：
中国是大陆国家，与周边大大小小的国家接壤，所以处理各国关系是很复杂的。
日本是岛国，被海包围着，缺乏资源，而且没有多余的陆上发展空间。
大概就是这样了。一句话：中国靠数量大取胜，日本凭质量精生存。
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