PDF格式与word格式的查重结果一般情况下是相同的，不过有结果不同的情况，造成差异的原因有：
word格式的论文中的目录如果排版正确，知网检测系统会按照目录进行章节划分，在对每个章节进行查重，目录显示为灰色不参与查重。pdf格式的论文需要转化为文本，目录格式已经不正确，所以目录是要进行检测对比的。因此PDF检测偏高;
参考文献在正确排版的情况下，是不进行数据对比的，不参加数据对比，结果显示灰色部分而pdf格式的论文参考文献会转化成文本格式，格式已经不正确，所以基本都会标红，因此PDF检测偏高;
尾注和脚注一般在Word里知网系统是检测不到，而在PDF里，知网系统当成正文检测，道理同3。因此PDF检测偏高。
PDF格式保密性强，如果在查重解析过程中，PDF文档里的内容识别不正确的话，会出现乱码，造成结果为0
在查重系统中，不同的格式对于查重结果确实会产生一定的影响。一般来说，论文可以采用不同的格式进行撰写，例如Word文档、PDF文件、LaTeX格式等。这些格式在排版、结构和文字处理方面略有差异，因此可能会导致查重系统在处理时出现一些不同的结果。
首先，在查重系统中，不同的格式可能会导致文本的排版和格式有所不同。这可能影响到系统对于文本中单词、句子和段落的划分和识别，从而影响到查重结果的准确性。例如，某些格式可能会将文本中的换行符和空格处理得不同，进而影响到系统对于文本的处理。
其次，不同的格式可能会导致论文在系统中的处理方式有所不同。例如，一些查重系统可能会将PDF文件转换为文本格式进行处理，而在转换的过程中可能会出现格式转换不完全、文字识别错误等情况，进而对查重结果产生影响。
此外，不同的格式可能还涉及到系统对于图表、数学公式以及其他特殊符号的处理方式。这些特殊内容在不同格式下的处理可能有所差异，从而导致查重系统在处理时产生误差。
综上所述，不同格式的论文在查重系统中可能会导致查重结果有所不同。为了提高查重结果的准确性，建议在进行论文查重时，尽量选择符合学术要求的标准格式，避免使用过于特殊的格式。此外，对于查重结果出现的差异，还应该进行人工复核和判断，以获取更准确的结果。通过不断的优化和改进查重系统，可以更好地应对不同格式带来的挑战，提高查重的准确性和可靠性。