目前对行政三分制功能的认识，可以归纳为以下几种主要观点：转变政府职能；实现权力制约；提高效率和加强监督。深圳大学教授马敬仁认为，改革有两个功能定位，一是转变政府职能，给政府管理的事务做减法；二是建立有效的权力制约机制，在没有条件建立外部制约机制的情况下，在政府部门内部把决策权、执行权和监督权分开。
行政三分制将政府的决策职能与执行职能相对分离，决策职能相对集中，建立决策的“大部制”，执行职能相对专业、分散，实现执行机构的专业化和社会化，在一定程度上能够起到转变政府职能的效果。另外，行政三分制通过行政权力的合理分解和配置，确实有可能达成权力制约的效果，同时也有利于权力运转顺畅、提高效率；至于加强监督，则与权力制约有异曲同工之效。行政三分制的首要功能是提高政府管理的科学化和理性化程度，增强政府对经济社会的回应性。当然，政府职能转变、权力制约和加强监督也是行政三分制的功能，但不是主要功能。
(一)提高政府管理的科学化和理性化水平
现代公共行政已从经验管理走向科学管理，强调管理的实际需求和内在规律。行政三分制正是以现代行政决策、执行和监督的内在要求为依据，通过合理分解权力，实现权力的科学配置和规范运行，从而使决策更科学民主，执行更迅速有效，监督更客观公正。
(二)增强政府对社会的回应性
政府的回应性本质上强调政府与社会形成良好的互动，政府对社会的需求作出及时有效的反应和回复。行政三分制改革，不仅是将政府的决策、执行、监督职能分开，更重要的是在行政权的重新建构中引入社会需求，为增强政府的回应性提供体制保障。
(三)权力制约
行政三分制在一定程度还可以形成权力制约，防止“绝对的权力导致绝对的腐败”。传统体制下，我国政府部门集决策权、执行权、监督权为一身，自定规则、自己执行、自我监督，容易产生寻租、腐败、效率低下等问题。行政三分制改革，就是要改变原有的行政权力运作模式，将行政权合理分解，以达到相互制衡的目的。当然，受制于传统和现有的制度框架，行政三分制所形成的权力制约只能是一种有限的制约。但是，不可否认的是，相对于传统的部门集权体制，行政三分制在一定程度上分解了行政权力，实现了权力的分散化，达到了一定程度的权力制衡。比如，决策权与执行权分离，在规则制定与利益分配过程中，决策者很难与执行部门合谋，谋取执行过程中的利益。同时，由于决策部门、执行部门、监督部门的分离，三者利益不再完全一致，任何一个部门的行为都时刻处在其他两个部门的牵制和监督当中。应该看到，我国的行政体制改革具有渐进性，政府转型是一个漫长的过程。对于任何有利于推动政府转型的改革措施，都值得尝试和鼓励。
(四)转变政府职能
行政三分制通过对政府的决策职能和执行职能分离整合，将在一定程度上起到转变政府职能的效果。当前政府组织形式以职能部门化为特征，职能分工过细，部门过多。实行行政三分制，首先要打破职能分工的部门体制，建立以决策、执行、监督等管理环节分工为标准的新模式，重新进行政府的职能划分和机构设置。在这种体制下，有些执行性的职能将社会化，交由社会组织甚至公民个人完成，政府将集中精力做好决策、监管等工作。同时，在政府决策中，决策职能相对集中，决策部门可以更清楚地看到，哪些适合政府去做，哪些交由社会更好，从而既能促进决策的科学性，又能促进政府职能的优化。
