两种方式各有利弊。
分公司（分支机构）：
优势：1）不用单独核算、单独报表，账务处理放在总部；2）如果是同城，可合并纳税，由总部交税，分公司不用自己纳税；3）收入合并，可以迅速升为一般纳税人。
缺点：1）如果内部单独核算，等于重复账务处理，增加工作量；2）需要定期将票据交总部，财务信息滞后；3）如果不想成为一般纳税人，收入合并后月销售额较大，不可避免；4）无法进行关联方交易。
个体工商户：
优势：1）可以享受国家2万元以下免税的优惠政策；2）可以按定额或核定税率纳税；3）不要求规范建账和会计报表；4）便于分开核算收入、成本、费用等。
缺点：1）很难成为一般纳税人；2）申领发票面额较小，一般是千元版或万元版；3）需要单独纳税。
不论哪种方式，都不影响你的集团组织结构，也不影响你的连锁经营（如集中采购）。
上述利弊自己衡量，选择对自己最有利的形式注册吧。
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