一、方法不同
1、财务审计：指审计机关按照《中华人民共和国审计法》及其实施条例和国家企业财务审计准则规定的程序和方法对国有企业(包括国有控股企业)资产、负债、损益的真实、合法、效益进行审计监督。
2、工程审计：指审计机构依据国家的法令和财务制度、企业的经营方针、管理标准和规章制度，对工程项目的工作，用科学的方法和程序进行审核检查，判断其是否合法、合理和有效。
二、作用不同
1、财务审计：揭露和反映企业资产、负债和盈亏的真实情况，查处企业财务收支中各种违法违规问题，维护国家所有者权益，促进廉政建设，防止国有资产流失，为政府加强宏观调控服务。
2、工程审计：发现错误、纠正弊端、防止舞弊、改善管理，保证工程项目目标顺利实现的活动。
三、方式不同
1、财务审计：检查各类报表是否编报齐全，仔细阅读报表说明，注意报表反映的会计期间的财务状况、经营成果以及资金变动情况与其他会计期间的分析对比。
2、工程审计：工程审计独立于项目组织之外，审计人员与项目组织无任何直接的行政或经济关系。
参考资料来源：百度百科-工程审计
参考资料来源：百度百科-财务审计
主要区别是，性质不同、目的作用不同、内容和范围不同，具体如下：
一、性质不同
1、财务审计
企业财务审计，是指审计机关按照《中华人民共和国审计法》及其实施条例和国家企业财务审计准则规定的程序和方法对国有企业(包括国有控股企业)资产、负债、损益的真实、合法、效益进行审计监督，对被审计企业会计报表反映的会计信息依法作出客观、公正的评价，形成审计报告，出具审计意见和决定。
2、工程审计
工程审计是指审计机构依据国家的法令和财务制度、企业的经营方针、管理标准和规章制度，对工程项目的工作，用科学的方法和程序进行审核检查。
二、目的作用不同
1、财务审计
目的是揭露和反映企业资产、负债和盈亏的真实情况，查处企业财务收支中各种违法违规问题，维护国家所有者权益，促进廉政建设，防止国有资产流失，为政府加强宏观调控服务。
2、工程审计
判断其是否合法、合理和有效，以及发现错误、纠正弊端、防止舞弊、改善管理，保证工程项目目标顺利实现的活动。
三、内容和范围不同
1、财务审计
资产负债表、损益表、现金流量表、合并报表。
2、工程审计
有政府性投资的建设项目，一律要进行工程审计。即所有行政、事业单位的建设项目都要经过造价审计和财务决算审计。非政府性投资的建设项目，规模较大而且涉及的利害关系人较多的，必须进行工程造价审计，比如房开企业开发的房地产。企业建造自用的建设项目由企业决定是否审计。
参考资料来源：百度百科-财务审计
参考资料来源：百度百科-工程审计
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一、方法不同
1、财务审计：指审计机关按照《中华人民共和国审计法》及其实施条例和国家企业财务审计准则规定的程序和方法对国有企业(包括国有控股企业)资产、负债、损益的真实、合法、效益进行审计监督。
2、工程审计：指审计机构依据国家的法令和财务制度、企业的经营方针、管理标准和规章制度，对工程项目的工作，用科学的方法和程序进行审核检查，判断其是否合法、合理和有效。
二、作用不同
1、财务审计：揭露和反映企业资产、负债和盈亏的真实情况，查处企业财务收支中各种违法违规问题，维护国家所有者权益，促进廉政建设，防止国有资产流失，为政府加强宏观调控服务。
2、工程审计：发现错误、纠正弊端、防止舞弊、改善管理，保证工程项目目标顺利实现的活动。
资产负债表
审计人员应注重检查资产负债表编制方法的正确性、报表项目的完整性以及报表所反映项目和内容的一贯性。
(1)检查资产负债表是否按照会计制度规定的科目及格式编制，复算报表各项之间的勾稽关系。
(2)将本期资产负债表各项目数字与前一期或各期相比，查明有无变动较大或异常情况；同时，检查资产负债表与其他报表的勾稽关系，并进行复算核对。
(3)全面核对资产负债表项目与总帐科目或有关明细帐数字是否相符，以总帐的本期发生额及余额与其所属明细帐各分类科目的本期发生额及余额之和相核对，检查帐与帐之间的记录是否相符。
以上内容参考：百度百科-财务审计
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