伊朗人是波斯族，历史上和犹太人并无过节，反倒和阿拉伯人长期敌对，1980年的两伊战争也可以说是伊朗与整个阿拉伯国家的战争。在1979 年伊朗爆发伊斯兰革命之前，由于有波斯人和犹太人之间古老的文化纽带和共同的战略利益的维系，伊朗和以色列一直是紧密盟友。
以色列犹太人的先祖与伊朗人的先祖波斯人的历史渊源可以追溯到2500多年以前。公元前11世纪古以色列王大卫统一犹太各部族，建立以色列王国，定都耶路撒冷。之后分裂为南北两国，以色列王国和犹太王国。
1979年1月，伊朗发生伊斯兰革命，巴列维国王被迫流亡国外，宗教领袖霍梅尼回国建立了政教合一的伊斯兰共和国。由于巴列维王朝与美国的特殊关系和美国在阿以问题上对以色列的偏袒和支持，霍梅尼把反对巴列维国王的斗争总是与反美反以交织在一起，因此霍梅尼对以色列国家的理解与认识就决定了伊朗与以色列的关系与巴列维时期相比必然会发生根本性改变。
在新世纪以来的以色列和伊朗双边关系中，有两个关键性的节点，第一个节点就是“9·11事件”。“9·11事件”后美国发动全球反恐战争，把伊朗列在支持国际恐怖主义国家的黑名单之首，还把伊朗称为“邪恶轴心”。
由于阿拉伯世界一致认为美国在中东和平进程中一直偏袒以色列，伊朗也认为以色列是美国在中东的代理人。伊朗国内逐渐强势的保守派也一贯指责美国在中东的霸权行径是为了以色列的利益，可见后“9·11时代”的伊朗和以色列关系的恶化就绝非双边关系层面那么简单，复杂的地区安全格局和宗教意识形态等外部因素导致了后“9·11时代”伊以关系的持续恶化。
新世纪以来的以伊双边关系中的第二个关键节点就是“伊朗核问题”。 对伊朗可能拥有核武器的忧虑让以色列人倍感焦虑，以色列官员和军事将领多次在公开场合呼吁国际社会向伊朗施加政治和经济压力，并且暗示，如果国际社会施压无法阻止伊朗核武器计划，以色列可能将单方面动用武力，打击伊朗的核设施；而伊朗也不甘示弱，对以色列进行口诛笔伐，指责以色列的霸道和蛮横。