在真心为你介绍：
第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。 杀死了
渚薰以后，
碇真嗣无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击…… 精神崩溃了的明日香失去了生存的意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的瞬间，她感受到了EVA机中母亲的存在，并在驾驶舱内见到了母亲的笑颜。突破了心之障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗，在短短几分钟内，觉醒的明日香独自一人击败九台EVA量产机！但最后电源耗尽又被朗基努斯之枪贯穿头部插在地上，本来已被打败九台量产机又从新启动，将二号机给吃掉了！ 为了与碇唯再会而被制造出来的
绫波丽，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束（再生？），而已感到自我灵魂存在的丽的选择是定真嗣！ 在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备Seele对初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战自的流弹击中为止。 出于对碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但拥有赤木尚子思维方式的MAGI选择了碇源堂而放弃了自己的女儿，拒绝了自爆的提议。之后，律子被源堂射杀…… 根据《死海文书》所记载，十数年后一定会引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成
《人类补完计划》。他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫，挑动战自攻击NERV，另一方面指挥量产机与EVA作战。Seele使用如此残虐的手段，其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式。 长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失，十年后，源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类，但在那之前，源堂希望能与碇唯相聚…… “人类补完计划”实行，但在补完过程中，定真嗣拒绝了补完，导致了“人类补完计划”是失败！——除真嗣与明日香之外，全人类的灵魂都被初号机带走，并一直漂泊在宇宙之中，成为人类存在的证据！ 最后一集里只讲了
凌波丽回归到了莉莉丝体内，至于最后凌波丽的去向并没有明确的说明，但可以肯定的是凌波丽最后并没有死，因为在补完失败后，定真嗣躺在岛上扭头看时，看到凌波丽站在水面之上！但眨眼之后又不见了，经过我在网上多方面的调查结果认为：凌波丽以经通过莉莉丝成为神了！ 另外我在给你一些真心为你里的重要场景以及一些重要的对话便于你理解： （场景：真治的内心世界） 真治：谁都不会了解的... 凌波：你什么也都不了解。 真治：我认为这个世界应该没有任何讨厌的事，也不会有任何动荡不安。 凌波：你认为他人一定和自己是一样的吧。 真治：出卖了啊！出卖了我的感觉啊！ 凌波：一开始就是你自己搞错了，明明就是你自己以为是而已。 真治：大家都不要我了...。所以，大家都给我去死吧！ 凌波：那么，你这做法是为了什么而存在呢？ 真治：不管我在不在，对谁都一样，都没差，所以大家都给我去死吧！ 凌波，那么，你这心里是为了什么而存在呢？ 真治：不如不存在比较好，所以我也去死吧！ 凌波：那么，你为什么在这里？ 真治：即使在这里，也可以吗？ 【动画】（无言） （接着..真治尖叫……） 日向诚：驾驶员反应急速降低到接近零！ 青叶茂：EVA系列以及大深度地下城市，已通过大气E层，仍直线上升中。 系统：「现在高度22万公里...已进入大气F层。」 日向诚：EVA全机健在！ 青叶茂：莉莉丝身上发出的反AT力场进一步扩大，已达物质化程度。 日向诚：反AT力场，突破临界点！ 青叶茂：不行，这样下去无法维持巨大生命的形体！ 冬月：鱼叉之屋以经敞开。世界的...肇始与终结之门，终于打开了吗？ 凌波：这世界充满了悲情，空虚正在把人们包围，而人孤独的心则埋藏了起来。 【动画】 （所有人都想到了自己想要见的人，接着，变成了液态……） 冬月：碇！你也见到了唯吗？ （省略这期间一些无用人说的话） SEELE 01号成员：肇始与终结都在同处。很好，到这里一切都很好。 碇源度：这个时刻...。就这样一心一意的等待着。终于见到你了...唯。 我和真治在一起只有继续伤害他而已。所以什么都不做最好。 碇唯：因为害怕真治的心理吧？ 碇源度：我自己不相信能被人爱，我没那种资格。 渚薰：你只是逃避而已。在自己被伤害以前先把这个世界拒绝掉。 碇唯：在人四周的某种肉眼看不见的无形的东西吗？ 凌波：恐惧，然后只有封闭内心吗？ 这个报应，是这样的啊！...对不起，...真治。 【动画】 （变为生命之树的初号机，进入了巨大凌波的脑子里） 真治：凌波？...丽... （各种声音）：讨厌...。谁要和你这种的...，别搞错了！ 才不可能喜欢像你这种的呢！ 他跟我这辈子可没任何关系！ 真是的！滚到那边去！ ....................................................... 美里：这么难受的话，不要做就好了。 凌波：这么讨厌的话，既是逃避也可以。 （某女声音）：你想快活些吧！你想得到安适吧！你想跟我合为一体吧！... ......不过，只要和你，宁死也绝对不要！（背景音效是做那种事情的声音……） 【动画】 （进入了现实的画面） （字幕）：感觉，好吗？ 真治：不知道。我很不了解现实。 凌波：你无法正确把握他人和自己的真实间的差距吧。 真治：我不知道哪里有幸福。 凌波：除了在梦中，否则幸福是找不到的。 真治：所以，这不是现实，这是谁都不在的世界。 凌波：是的，梦。 真治：所以，我也不在这里。 凌波：你是在这个虚构中很方便的报复这个现实对吧！ 真治：不行吗？ 凌波：你在敷衍这个现实，而逃避到虚构去对吧！ 真治：我连自己一个人做梦都不行吗？ 凌波：这不是梦。只是对现实挫折的补偿罢了。 真治：那么，我的梦在哪里？ 凌波：那就是，现实的延续。 真治：我的现实又在哪里？ 凌波：那就是，梦的终结。 【动画】 （巨大凌波脖子撕裂，喷血……） （凌波坐在真治的身上） （场景：LCL之海） 真治：凌波...这里是？ 凌波：这里是LCL之海，也就是生命源头海洋之中。是没有AT力场、也没有自己形体的世界。 是不知道自己的范围到哪里，也不知道哪里开始是别人的暧昧的世界。也是不知道自己范围到哪里，甚至自己哪里都不在的寂静的世界。 真治：我死了吗？ 凌波：不。只是全部都合而为一而已。这就是，你所希望的世界对吧！ 真治：......可是，这不是。我想不是。 凌波：如果实现你现在这一次期待他人能够存在的愿望的话，心之防壁会再度把所有人都分开。到时你又要开始对别人产生恐惧了吧！ 真治：没关系的......谢谢。 （真治躺在凌波的腿上） 真治：在那里，我知道只有讨厌的事而已，所以即使一定要逃避也可以。 但是，逃来这里也不好。因为......我，不在......，也就等于大家都不在。 渚薰：即使再用AT力场，继续伤害你或别人也可以吗？ 真治：没关系......不过，在我心中的你们到底是什么？ （背景开始不断变化……） 凌波：是希望。也许使人们对彼此所知的混合物也说不定...的东西。 渚薰：它跟『我喜欢你』这句话是一起出现的。 真治：但是，它是虚假的，也是自以为是的，好像只是祈求而已，更不会一直持续， 而且不晓得什么时候会被出卖了。......然后就把我抛弃了。 但是，我想再一次面对它，因为我想那个时候的感觉会是真实的。 【动画】 （巨大凌波倒下...初号机从巨大凌波眼睛里出来，嚎叫...展开巨大光之翼，黑之月被血印包围，流血，留在巨大凌波身上，爆破！洒满世界……） 渚薰：显示，在你不知道的地方存在着。梦也是在现实之中...... 凌波：而真实就存在你的心中。 渚薰：因为人的心，会把自己自身的型造出来的缘故。 凌波：而新的概念能把人的心和型都改变。这概念能将创造的力量、自己的未来、甚至时间的流向......给制造出来。 渚薰：只是如果人们不靠自己的自身的意志行动的话，什么都不会改变。 凌波：所以，遗失的自己，要靠自己的力量找回来，即使自己的言语没了...，即使要采用别人的言语...... 只要能用自己的心将自己自身的概念做出来，谁都可以回复人形。 凌波：不要担心。所有的生命都有想要复原的力量，都有想要活下来的心。 只要能想到要活下去的话，到哪里都是天堂。因为还活着嘛！ 到哪里都会有幸福的机会的。 只要太阳、月亮、和地球都还在............，就没关系。 啶唯：已经可以了吗？ 真治：哪里有幸福......我还是不知道。 只不过，对于为何被生下来而存在于此的意义今后会继续多加思索。 而且对一些被视为理所当然的东西也会多加去感觉。这是自己为了靠自己活下去而做的...... 但是，妈妈呢？......妈妈她要怎么办呢？ 【动画】 （在某河边，年轻时的冬月与碇唯，碇唯抱着还小的真治） 冬月：人类制造类似神的EVA，真正的目的是这个吗？ 啶唯：是的，人类只能活在这个星球上，......不过，EVA却可以永远活下来。 如果能把人类的心寄宿在那里的话......，就算再经过50亿年，连这个地球、月亮...甚至太阳都不在了，人类还是能存活下来的。即使到时只有一个人活下来的话......， 虽然会非常寂寞，只要能活下去的话...... 冬月：就可以永远的留下人类生存的证明吗？...... 真治：再见了......，妈妈