由于地勘单位实行属地化管理，目前地勘工作拨款主要有：一是原中央财政预算安排的地勘费拨款下划给各省（市、自治区）财政拨付，实行包干使用，主要用于地勘单位经常性经费用支出和离退休人员经费支出，少量安排地质项目支出，即所谓的地勘包干经费；二是主要用于特定地质项目的预算拨款。这类预算拨款主要来源于中央地质大调查专项资金、各级地方财政安排的专项资金。专项资金项目在资金使用上通常要求专款专用，在会计核算上要求实行项目管理、单独核算。其管理有以下特点：①专项资金的使用应严格控制在预算核定的额度内；②相关部门有专门的专项资金管理办法对其资金的使用过程如资金的职责分工、预算管理、财务管理、监督检查等进行规定，对费用列支范围有明确的限定，明确项目资金必须专款专用；③专项资金项目结束后一般要求进行项目成果验收，办理项目竣工决算，并独立提交成果报告；④对专项资金的使用效果要进行绩效评价。专项资金管理应注意以下几个方面。
一、要加强专项资金项目预算编制的管理
专项资金项目的预算编制须以国家财经法规为依据，确保预算编制的准确、科学和可行。项目负责人、业务部门、财务部门各负其责，共同协作，紧扣项目实施方案，确保与技术工作方案衔接一致，每一项预算支出依据充分、内容齐全、尽量细化，确保编制的预算科学、合理、可操作性强。
二、严格项目过程管理，提高专项资金预算的执行力
单位负责人必须对本单位项目的整体质量负责，完善相关规章制度，健全项目管理体系，规范项目管理。严格按照项目设计和预算进行，严格实行项目合同制、招投标制、工程监理制和项目责任人制度。
对涉及到的委托（外包）业务及相关设备、物资采购，应按照《政府采购法》和政府购买社会服务的规定，必须严格执行政府采购程序、公开招标限额标准等相关规定。
三、严格执行相关财务制度和会计核算办法
（1）按照财务管理和内部控制的规定，规范报账流程，严格执行资金授权审批、支付方式、支付金额等规定。
（2）经费报销和结算必须以真实合法、有效完整的原始凭证为依据；相关报销票据须符合财务管理规定。
（3）严格按预算和国家财政法规支出项目费用，不得报销与专项目项目无关的费用，不得超范围使用，确保专项经费专款专用。
四、强化信息传递，增强部门间的沟通合作
在项目开展的过程中应加强业务部门和财务部门的沟通和合作，财务部门须及时了解项目实施进度，及时安排项目资金，及时将项目预算的执行进度通报业务部门，督促业务人员及时进行项目经费报销。确保项目预算的执行进度与项目实施进度相匹配，避免出现因两者的脱节导致项目结转或结余经费过大、突击花钱等现象的出现。财务部门应加强对相关财经制度的宣传和解释工作，争取得到业务部门的理解和支持。
五、强化内部审计对专项资金项目监管力度
项目承担单位在项目实施过程中，要加强对项目资金的监管，建立健全具体的财务管理和监督检查制度，通过内部审计等多种形式不定期地对项目预算的执行情况进行监督检查，坚持“事前审查、事中监督、事后评价”，确保专项资金的安全。