TV版
带“★”且加粗的为特别篇，带“◆”表示动画原创 1999年 129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件★ 130 竞技场无差别胁迫事件（前篇） 131 竞技场无差别胁迫事件（后篇） 135 消失的凶器搜索事件◆ 136 青色古堡探索事件（前篇） 137 青色古堡探索事件（后篇） 138 最后上映的杀人事件（前篇） 139 最后上映的杀人事件（后篇） 140 SOS！步美传达的讯息 146 本厅刑事恋爱物语（前篇） 147 本厅刑事恋爱物语（后篇） 156 本厅刑事恋爱物语2（前篇） 157 本厅刑事恋爱物语2（后篇） ( 出现集数：13) 2000年 174 20年后的杀机 圣弗尼号连续杀人事件 176 与黑暗组织的再会（灰原篇） 177 与黑暗组织的再会（柯南篇） 178 与黑暗组织的再会（解决篇） 182 九道门大搜索◆ 188 危命的复活 洞窟中的侦探团 189 危命的复活 负伤的名侦探 190 危命的复活 第三种选择 191 危命的复活 黑衣骑士 192 危命的复活 新一回来了 193 危命的复活 约定的场所 194 意味深长的八音盒（前篇） 205 本厅刑事恋爱物语3（前篇） 206 本厅刑事恋爱物语3（后篇） 212 蘑菇、熊和侦探队（前篇） 213 蘑菇、熊和侦探队（后篇） （出现集数：16） 2001年 223 人鱼又再度哭泣（推理篇） 225 生意兴隆的秘密◆ 230 谜一样的乘客（前篇） 231 谜一样的乘客（后篇） 233 无法消失的证据（前篇） 234 无法消失的证据（后篇） 242 元太少年的灾难 246 陷入网中的谜团（前篇） 247 陷入网中的谜团（后篇） 258 来自芝加哥的男人（前篇） 259 来自芝加哥的男人（后篇） （出现集数：11） 2002年 266 情人节的真相（事件篇） 269 犯罪的纪念品（前篇） 270 犯罪的纪念品（后篇） 276 警察手册遗失事件 277 英语教师VS西部名侦探（前篇） 279 迷宫的阴暗（前篇） 280 迷宫的阴暗（后篇） 289 迷途森林的光彦（前篇） 290 迷途森林的光彦（后篇） 294 爱与决心的粉碎（前篇）◆ 295 爱与决心的粉碎（后篇）◆ 301 恶意与圣者的行进（前篇） 302 恶意与圣者的行进（后篇） （出现集数：13） 2003年 304 震动的警视厅 1200万人质★ 309 与黑暗组织接触（交涉篇） 310 与黑暗组织接触（追击篇） 311 与黑暗组织接触（决死篇） 312 夕阳染红的女儿节人偶（前篇） 313 夕阳染红的女儿节人偶（后篇） 329 金钱买不到的友情（前篇） 330 金钱买不到的友情（后篇） 335 东都显影所的秘密（前篇） 336 东都显影所的秘密（后篇） 338 4台保时捷（前篇） 339 4台保时捷（后篇） 340 厕所隐藏的秘密（前篇） 341 厕所隐藏的秘密（后篇） 343 便利店的陷阱（前篇） （出现集数：15） 2004年 345 与黑暗组织直面对决！满月之夜的二元神秘事件★ 346 寻找P股上的印记（前篇） 347 寻找P股上的印记（后篇） 348 爱与幽灵与地球遗产（前篇）◆ 349 爱与幽灵与地球遗产（后篇）◆ 358 本厅刑事恋爱故事5（前篇） 359 本厅刑事恋爱故事5（后篇） 361 帝丹高中学校怪谈（前篇） 366 显而易见的码头惨剧 （前篇） 367 显而易见的码头惨剧 （后篇） 373剧毒蜘蛛的陷阱◆ 374 星星和香烟的暗号（前篇） 375 星星和香烟的暗号（后篇） 376 限时15时◆ （出现集数：14） 2005年 385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲) 390 本厅的刑事恋物语6（前篇） 391 本厅的刑事恋物语6（后篇） 394 怪屋大冒险（封印篇） 395 怪屋大冒险（操纵篇） 396 怪屋大冒险（解决篇） 398 奇妙一家的委托（前篇） 401 宝石抢匪现行犯（前篇） 402 宝石抢匪现行犯（后篇） 403 不可思议的天使之馆（前篇）◆ 404 不可思议的天使之馆（后篇）◆ 411 神社鸟居之惊悚暗号（前篇） 412 神社鸟居之惊悚暗号（后篇） 414 追逐蓝色小鸟的少年侦探团◆ 418 米花町阁楼的房屋◆ 421 银杏色的初恋（前篇） 422 银杏色的初恋（后篇） 423 侦探团与青虫4兄弟◆ （出现集数：18） 2006年 425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间★ 427 充满神秘的上学之路（前篇） 428 充满神秘的上学之路（后篇） 435 以侦探团为焦点的专访（前篇） 436 以侦探团为焦点的专访（后篇）
动画中的哀(8张) 443 令人叹息的赶海（前篇） 444 令人叹息的赶海（后篇） 453 因缘与友情的试映会 454 颠倒的结尾（前篇） 455 颠倒的结尾（后篇） （出现集数：10） 2007年 460 1年B班大作战 466 分不开的雪人（前篇） 467 分不开的雪人（后篇） 468 池塘边的奇怪事件◆ 472 少年工藤新一的冒险（前篇） 473 少年工藤新一的冒险（后篇） 476 元太的必杀射门（前篇） 477 元太的必杀射门（后篇） 478 真实的30分钟◆ 481 山姥的刀（前篇） 482 山姥的刀（后篇） 483 消失的巡警◆ 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（后篇） 486 从右至左的招财猫◆ 488 电视台的恶魔★ (出现集数：16) 2008年 492 红与黑的碰撞 血缘 495 红与黑的碰撞 昏睡 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 507 KTV包房的死角（前篇） 509 红白黄色与侦探团 510 柯南vsW暗号推理 511 推理对决！新一VS冲矢昴 515 怪盗基德的瞬间移动魔术★ 518 明治维新神秘之旅（探索篇）◆ 519 明治维新神秘之旅（解决篇）◆ （出现集数：13） 2009年 521 杀人犯—工藤新一★ 522 新一的真实身份与小兰的眼泪★ 523 真正想问的事 524 憎恶是青色的火花（前篇） 525 憎恶是青色的火花（后篇） 533 呼唤过去的伤痕 534 新伤痕与吹口哨的男人 535 旧伤痕与刑警之魂 536 消失名画背后的秘密◆ 542 让鱼儿消失的一角岩（前篇） 543 让鱼儿消失的一角岩（后篇） 549 回转寿司的秘密（前篇） 550 回转寿司的秘密（后篇） 551 犯人是元太的爸爸（前篇） 552 犯人是元太的爸爸（后篇） 554 鹳的探索之旅（小兰搜索篇）◆ 555 鹳的探索之旅（追踪阳菜篇）◆ 557 与危险的二人同行 558 死亡之馆 赤壁(三顾之礼) （出现集数：19） 2010年 563 侦探团VS强盗团(骚乱) 564 侦探团VS强盗团(沉默) 568 白鸟警部，樱花的回忆(前篇) 569 白鸟警部，樱花的回忆(后篇) 571 妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇) 572 妖怪仓库中的夺宝战斗(后篇) 575 黑色连衣裙的不在场证明(前篇) 577 萤火虫点亮的真相◆ 578 危机来临的红色预警 583 小林老师之恋 584 白鸟警部的失恋 585 跨越时空的樱花之恋 586 黑暗中消失的麒麟之角 587 基德vs四神侦探团 591 水族馆之家◆ 597 蒸汽密室的剧本(前篇) 598 蒸汽密室的剧本(后篇) （出现集数：17） 2011年 606 法庭的对决Ⅳ审判员是小林澄子（前篇）◆ 607 法庭的对决Ⅳ审判员是小林澄子（后篇）◆ 614 日记演奏的秘密(前篇) 615 日记演奏的秘密(后篇) 616 福尔摩斯的启示录（名侦探的弟子） 621 福尔摩斯的启示录（0 is start） 622 紧急事态252（前篇） 623 紧急事态252（后篇） 624 初恋的录像带 631 花时钟知道一切◆ 633 时间守护者的剑（后篇） （出现集数：11） 2012年 642 和歌纸牌千钧一发（前篇) 643 和歌纸牌千钧一发（后篇）
参考资料：http://baike.baidu.com/view/4109.htm