江苏连云港港口股份有限公司的历史可以追溯到2001年9月25日，这一天，根据江苏省人民政府的苏政复[2001]154号文件，该公司得以批准成立。它的发起者包括当时的连云港港务局（现为连云港港口集团有限公司），中国信达资产管理公司，兖州煤业股份有限公司，中国煤炭工业进出口集团连云港公司（现名中煤连云港进出口有限公司），以及中国连云港外轮代理公司（现为中国连云港外轮代理有限公司）。连云港港务局以其部分经营性资产出资，具体为12,498.97万元，中国信达资产管理公司则通过受让港务局资产出资4,577.09万元。兖州煤业股份有限公司、中国煤炭工业进出口集团连云港公司和中国连云港外轮代理公司则分别以货币形式出资176.04万元，这些出资按照1:0.6533的折股比例转化为公司的股份。初始设立时，公司总股本为11,500万股。
在2001年10月15日，江苏连云港港口股份有限公司正式在江苏省工商行政管理局领取了企业法人营业执照，注册号为3200001105341。从那一刻起，该公司开始了其在港口行业的运营和发展历程。
成立于2001年10月15日，由连云港港口集团有限公司、中国信达资产管理公司等五家公司共同发起设立。注册资本为53760万元。主要从事港口货物的中转装卸、堆存及相关港务管理业务。下属东联、东源、东泰三个港务分公司。