区别1：长度，越短越易记，易记是域名的重要指标。
区别2：时间，开放注册的时间不同，.cn从2003-03-17中午12点正式开放注册，而.com.cn则在中国互联网创立之初就已有。
区别3：注册量，.com.cn与.cn都是写入根域的正式域名后缀，是完全独立的，例如abc.com.cn与abc.cn是相互独立的，因此两个后缀的注册量是不同的，并且随着时间推移会更不同。
关于“区别”基本上能想到的就这些了，欢迎补充。
至于“为何不用更简短的.cn？”这个问题，实在不明白题主为何有此一问。
根据CNNIC发布的统计数据在2017年2月份.CN域名后缀的注册总量是15915980个，而.com.cn的注册总量是2530714个，.cn域名并不存在“为何不用”的问题，反而应该是更多人用。