随着社会主义市场经济逐步建立和完善，新华书店总店不断加快改革速度，在改革中发展壮大。特别是近几年来，企业效益不断提升，年均销售额、毛利率、利润总额、库存额分别为12.8亿元、7.33%、2400万元和1.57亿元。主营图书批发业务构成较为合理。通过多年积累，企业资产总额已达7亿元，其中所有者权益3.98亿元，资产负债率多年来保持在50%左右的合理水平。图书市场覆盖率90%以上，图书销售市场占有率5%—7%左右，并在逐年扩大，成为国有图书发行行业中的中坚力量。随着图书市市场不断向“统一、开放、竞争、有序”的方向发展，新华书店总店将会有更大的作为和发展。
近年，总店坚持以“市场开发”为指针，积极推进代理制、寄销制和推销制，构思适应市场经济发展的新思路，推行区域发展战略，努力增强自身的实力与活力，调整资源配置，实现产业的多元化组合。目前，企业已初步构建了若干个经营系统：
以北京发行所和批销中心为主的图书期、现货采购供销系统；
上海东华图书发行代理有限公司为主的图书区域批发系统；
以大型商场门市为主的图书音像零售连锁网络系统；
新华音像租赁发行有限公司为主的图书、音像、电子出版物制作发行及社区连锁销售实体；
以储运公司、物流中心为主的图书物流配送系统；
以信息中心为主的与出版物传统征订业务相结合的图书电子商务系统和进销业务计算机化的管理体系；
以物业管理服务为主的资产经营实体；
以书香园宾馆和中新华旅行社为主的多种经营实体。
以上各经营系统连同各职能部门，构成了总店总经理室领导下的组织机构：办公室、党工办、人事教育处、计财处、基建处、审计处、保卫处、北京发行所·批销中心、储运公司、信息中心。
新华书店总店在五十年的经营发展中，已累计发行图书42亿册、110万种、210亿元的图书。累计销售收入151亿元，利润总额4.87亿元。
新世纪，总店将继续坚持以深化改革、加强管理、开拓经营、促进自身稳步发展的方针，力争经济效益稳步增长，把企业建设成为辐射全国的大型现代化图书流通中心。我们将继续解放思想，实施“大公司战略”，加快向现代企业制度的转移，使企业实现由“大”向“强”的根本转变。
