办公室（财务司）
1、综合协调局机关日常政务，制定局机关工作制度；2、负责会议组织、领导批示和重要政务工作的督办、秘书事务、文电处理、档案管理、机要、保密、信访、值班、保卫等工作；3、负责组织协调人大代表建议、政协委员提案的办理工作；4、研究拟定中医药事业中长期发展规划，规划与协调中医资源配置；5、编制部门预算；组织拟定中医机构建设、装备标准；6、负责局机关、直属单位财务和国有资产的管理和监督；7、负责新闻宣传、报刊管理工作；8、组织协调机关电子政务和信息统计工作；9、组织协调扶贫、援藏工作。
人事教育司
1、研究、实施中医药人才兴业战略；2、研究制订中医人力资源发展规划，加强人才资源能力建设，优化人才资源配置；3、负责局机关和直属单位的人事、工资、机构编制的管理工作；4、拟订、完善并组织实施中医药行业专业技术人员技术职务评定标准；5、指导中医医疗机构的人事分配制度改革；6、负责组织机关、直属单位的干部教育、培训，指导协调全国中医药管理干部培训工作；7、 联系有关中医药社会团体。8、 组织拟订和实施中医药继续教育、师承教育的发展规划，建立完善中医药人员终身教育制度；9、管理、指导中医药专家学术经验和技术专长继承工作；10、会同国务院教育行政部门，制定中医药教育机构的设置标准及相关专业标准；11、制定中医药教育机构临床教学基地标准；12、配合国务院教育行政部门，研究制定中医药高等教育发展规划，指导中医药教育教学改革。13、管理局离退休干部办公室的工作。
政策法规与监督司
1、根据国家卫生、药品的有关政策和法律法规，组织研究提出中医药发展战略和方针、政策；2、组织中医药重大理论和实际问题的调查研究；3、研究提出中医药参与公共卫生体系建设的相关政策、措施；4、组织研究中医医疗机构体制改革和管理制度改革；5、研究起草有关中医药的法律、法规、规章、草案；6、组织制定规范性文件；
7、组织协调中医药法制化、标准化建设工作；8、负责行政复议、应诉工作。
9、 综合管理中医药监督工作并依法组织实施；10、负责拟订中医药监督工作规范、程序和有关规章制度；11、对各类中医、中西医结合、民族医医疗机构的执业行为进行监督；12、 监督检查医疗、保健、护理等人员的执业资格标准；13、监督检查《中华人民共和国中医药条例》等卫生法律法规的执行情况；14、指导并监督中医医疗广告的审查工作；15、监督管理医学气功活动和按照中医理论研制的药膳；16、配合有关部门，组织协调、办理相关案件的查处工作，并进行相关的执法检查。
医政司
1、参与组织协调突发公共卫生事件的应急处理；2、指导和组织实施农村、社区中医药工作，协调组织对农村中医药的支援工作；3、负责基层中医药适宜技术推广工作；4、组织实施中医药及中西医结合预防、治疗重大疾病工作；5、组织拟订和实施有关中医医疗服务的管理规定、服务规范；6、完善和实施中医医疗机构、执业人员的准入标准；7、组织拟订中医医疗技术标准和技术操作规范；8、管理各类中医、中西医结合、民族医医疗机构，对其他医疗机构中的中医业务进行指导9、研究、规范中医医疗机构中的药事管理工作；
科技司
国家中医药管理局
1、拟订中医药科学技术发展规划；
2、指导中医药科研机构的改革工作；3、组织、参与中医药重大科研目的实施工作；4、参与指导与协调重点中医药科研机构的建设；5、负责中医药技术成果的推广、应用工作；6、负责组织中医药新技术评价；7、指导中医药行业知识产权保护；8、负责中医药文献、秘方、验方的捐献工作；9、 组织和指导中医药的学术交流工作；10、参与相关科技合作项目的组织工作；11、负责基层中医药适宜技术筛选工作；12、组织、指导中西医结合和民族医药的科研工作。
国际合作司
1、推进中医药的国际传播。2、研究国际中医药发展现状，提出政策建议；3、组织和指导中医药对外双边、多边及民间交流与合作；4、指导内地与香港、澳门特别行政区和台湾地区的中医药交流与合作；5、 配合有关部门实施国际中医药经济、技术合作；6、 组织协调与世界卫生组织、世界贸易组织等国际组织在传统医药领域的交流合作；7、承办局机关的外事工作。8、 指导各民族医医疗医药工作，组织拟订并逐步完善相应的规范和标准。
直属机关党委
1、负责局机关和直属单位的党群工作2、组织党的宣传、组织、统战、维护稳定、精神文明建设工作和党员的教育、管理、党校培训工作；3、导工会、 共青团、妇女组织的工作；4、与干部管理；5、办局机关党委、纪委、审计室的有关日常工作。 1、中国中医科学院
2、中国中医药报
3、中国中医药出版社
4、中华中医药学会
5、国家中医药管理局对台港澳中医药交流合作中心
6、中国中医药科技开发交流中心
7、中国传统医药国际交流中心
8、机关服务中心
9、国家中医药管理局中医师资格认证中心
