回答：
出身不一样。
支付宝从诞生之日起，就定位在支付领域，做的都是与“钱”相关的事情，不管是早期的买卖双方资金担保，还是后来的支付再到现在的日常生活缴费。所以通过支付宝衍生出了余额宝等产品，最终形成了以蚂蚁金服为母公司的一系列围绕“钱”而形成的业务块。
微信支付诞生于微信红包，微信是一款社交软件，微信支付早期只是作为社交的一部分“发红包”而诞生的，仅仅就是作为朋友之间的一种互动。在发红包之余才发现，原来微信支付不仅可以用来发红包，还可以用来支付，不管是线上支付还是线下支付。然后才开始大量铺市场，开拓微信支付应用场景。
应用场景不一样，出身的不同决定了支付宝与微信支付的应用场景有所不同。
支付宝更多是与“钱”打交道，所以在涉及到理财、大额转账/支付的时候，更多人会选择使用支付宝。
而微信支付更多是建立在社交基础上，所以像发红包以及一些线下小额购物支付时，更多人会选择使用微信。也正是因为微信支付是建立在社交基础， 社交需求远远要比支付需求高频，微信支付也借助社交手段开始成为用户高频应用，市场占有率也在不断提高。
定位不一样。
支付宝是蚂蚁金服众多业务中最重要的一个，作为蚂蚁金服旗下最早也是最主要产品，承载了整个蚂蚁金服主要流量入口的作用，所以我们看到支付上有余额宝、蚂蚁聚宝等其他产品，但其他产品上这样的导流情况就要少很多。
微信支付只是微信众多功能中的一个，承载更多的是提高了微信的使用场景、用户粘性。但没有微信支付的时候，微信依然是微信。微信支付剑走偏锋的抢了支付宝大量市场。
拓展阅读：
用户：微信支付的用户来自社交：微信的用户量超过6亿，日活量超一亿；支付宝的用户只要来自天猫和淘宝的交易平台；
总结：所以用户可以一天不淘宝但是不可一天不微信，微信支付的粘性要高于支付宝。
场景：2015年春节绑定了2亿张银行卡，干了支付宝8年做到事情。微信以红包场景切入，后续和滴滴打车、大众点评、京东合作，添加出行、饮食、购物的支付场景。二维码支付更是加强了微信在O2O市场的格局。
支付宝2003年出现，长期的发展几乎覆盖的所有的支付场景，满足用户随时随地支付的需求，用户已经养成习惯。形成了行业壁垒，所以即使在微信支付的冲击下，市场份额仍然在80%左右。
总结：即使支付宝覆盖的场景很全面，仍然受到微信支付的社交场景的猛烈冲击。
流量和存量，流量泛指用户进行交易的资金流。存量泛指用户在交易、理财等行为中沉淀在账户上的存量资金。微信支付从流量来切入整个支付流程，使得支付流程更简便，更注重用户体验；大而全的支付宝是居中的资金管理者。在存量上占明显优势，存量也是支付宝赢利的重要方式。
总结：没有存量负担的微信支付比支付宝更开放，商家可以只把微信支付当成工具或渠道之一，自由度比支付宝更高；当然相应的缺点是，微信支付体系内没有庞大的账户资金存量，商家能从支付宝体系内得到的好处比微信支付更多。