学校管理存在的问题和不足有如下：
1、民主管理意识淡薄
校长负责制的实行，明确了校长的管理者地位，明确了校长的权利与义务，提高了校长管理学校的自主权与决定权。然而， 在学校管理的决策中也体现了校长专制的一面，致使学校管理气氛僵化，教职员工的工作积极性受到压制。
2、学校管理缺乏人本性和情感关怀
“人本性”强调学校管理中的关怀性，教学资源以及基础设施要充分得到使用，要让学生在使用设施资源中充分得到尊重。
即学校管理者要对教师要有人文关怀，要尊重教师的教授方式，尊重教师的劳动成果；即教师对学生要有人文关怀，而不是将学生的分数看作评职称和奖金的工具，既要当学生的学习指导者，也要做学生的知心朋友。
3、学校教育功利化
当前学校关心的重点除了学生的学习成绩之外，就是学校的经济状况。九年义务教育阶段，按国家规定学生采取就近入学的原则，学校不得招收择校生，不得以任何理由和名义向学生家长收取与招生挂钩的“赞助费”和“择校费”。
但不少家长钱权交易，让孩子到师资力量强、设备条件好的中小学就读，导致办学条件差的学校生源不足。而好学校负担重、任务量大，影响了教育教学质量的进一步提高，形成了恶性循环，不利于素质教育的全面实施。
有些学校将教师的出勤和迟到情况记录在册并全校公开批评，不尊重教师而因为部分学生的家境情况对学生的错误采取放任和隐瞒。这既不利于教师的身心安定也不利于学生道德水平的培养。
4、教师考核的“数字化”
现行学校管理普遍采用量化管理。教师考核管理包含每周的上课次数、听课次数，作业批改次数，备课次数等等。这种考核明显向“数字化”转变，让教师只注重数量而忽视了质量。
笔者建议应对教师的考核采用统计学中的“加权平均数”的计算方式，以教师完成任务的质量作为权重和完成数量的平均数两者结合，既能体现教师是否完成相应的教学工作量又可评价教师完成的工作量的质量。
5、学校重“科学”，轻人文
科学性体现的是过程和手段，而人文性更多强调的是结果和目的。重“科学”，轻人文的管理恰恰又会导致非科学、不人文的不良结果。