法律分析：甲乙双方工程结算异议可以通过以下方式解决：
1、是通过双方协商解决，若是协商达不成一致，可请第二方调解；
2、若调解不成，可提请仲裁或起诉至人民法院，请求法院判决执行。
起诉至人民法院，甲乙双方要投入大量时间、财力和精力，还将影响双方信誉，故能协商解决的不请第三方调解，能调解解决的不请求仲裁或起诉至人民法院。
法律依据：《建设工程价款结算暂行办法》第二十条 当事人对工程造价发生合同纠纷时，可通过下列办法解决： （一）双方协商确定； （二）按合同条款约定的办法提请调解； （三）向有关仲裁机构申请仲裁或向人民法院起诉。