法律分析：1、已经在耕地上建了房子，如果建房之前办理了相关的手续，例如土地使用证明和建房的审批许可，就不用担心，因为建房前是经过了相关部门的同意建的房子，不会变成违章搭建被拆除的。
2、如果在耕地上建的房子没有相关建房许可的证件，那就属于违章搭建，就应该去相关管理部门去补办相关的建房许可证件。及时的补办这些证件，才不会被拆除。
法律依据：《基本农田保护条例》
第二条 国家实行基本农田保护制度。
本条例所称基本农田，是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。
本条例所称基本农田保护区，是指为对基本农田实行特殊保护而依据土地利用总体规划和依照法定程序确定的特定保护区域。
第三条 基本农田保护实行全面规划、合理利用、用养结合、严格保护的方针。
第四条 县级以上地方各级人民政府应当将基本农田保护工作纳入国民经济和社会发展计划，作为政府领导任期目标责任制的一项内容，并由上一级人民政府监督实施。
第五条 任何单位和个人都有保护基本农田的义务，并有权检举、控告侵占、破坏基本农田和其他违反本条例的行为。
第六条 国务院土地行政主管部门和农业行政主管部门按照国务院规定的职责分工，依照本条例负责全国的基本农田保护管理工作。
县级以上地方各级人民政府土地行政主管部门和农业行政主管部门按照本级人民政府规定的职责分工，依照本条例负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。
乡(镇)人民政府负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。