涉及基因都是非常复杂的问题。
日本人的父系基因如此：
第一，日本关东地区（是指日本本州中部濒太平洋的一个地区）的男性，48%是单倍群—D2，
这是所谓绳文人的主体，也就是所谓的日本原住民。他们在约公元前12000年到公元前300年的时期生活在日本。
绳文人比较矮小，男性身高不超过160，女性不超过150。
第二，关东地区有31%的男性携带单倍群—O2b。
这是所谓的弥生人的主体。
弥生人是公元前300年到公元250年，才从朝鲜半岛来到日本的。
朝鲜半岛的高句丽、百济人和日本人在O2b基因上具有很大的交叉，说白了他们具有接近的血缘。
弥生人牙齿比绳文人大，身高也比绳文人高。
一般认为建立大和政权的主要是弥生人，因为他们更先进。
他们将绳文人征服、杀戮、驱逐，蔑称为“虾夷”，这也就是后来征夷大将军的由来。
征服的过程中，他们也混有了大量绳文人的基因。
第三，关东地区有15%的男性携带单倍群—O3。
这些人来自于中国大陆，在铁器时代分为很多批次通过朝鲜半岛进入日本。
一般认为，这是因为朝鲜半岛生活的居民中，混血了所谓汉人的O3基因，又将他带到日本，而并非是徐福带过去的。
徐福是公元前210年，也就是弥生人时代去的日本。估计是徐福只带走500童男童女，人数太少，对基因上起到的作用有限。
至于O3基因，因朝鲜半岛本部长期被汉人控制，有混血并不稀奇。
所以，以往军国主义所谓大和民族是纯种，血统是全世界最纯正，自然是扯淡了。
现代的日本人类学者都认为：现代的日本国的主体民族，也就是大和民族，主要由绳文人和弥生人不断混血形成的。
多说一句，日本人基因中的O3，其实是今天中原汉族主要基因。他们是5000年前从藏羌东进，和中国中原地区的农耕的兄弟集团O1,O2融合，成为了现在汉族的主流。
现今的河北，山东等中原大地都是O3的天下，O1主要在中国南方，O2只集中存在于东北的满族。
那么，日本人的基因有百分之十五到二十，同中原汉人是相同的。