在我国实行社会主义市场经济体制的新形势下，国务院先后多次发文，对地质工作的改革、发展以及地质队伍建设，作了批示和决定，其中具有代表性的文件是:国务院办公厅关于印发地质勘查队伍管理体制改革的通知(国办发［1999］37号)，以及国务院关于加强地质工作的决定(国办发［2006］4号)。主要精神如下。
一、地质队伍管理体制改革
改革的目标是:建立适应社会主义市场经济体制，有利于矿产资源优化配置和合理利用，有利于矿产资源严格管理和有效保护，政企(事)分开，统一、协调、有序、高效的管理体制。
(一)改革的原则
按照社会主义市场经济的要求，实行有效的宏观管理，充分发挥市场对资源配置的基础性作用，促进矿产资源的合理开发利用和有效保护;实行政企(事)分开，强化国土资源行政主管部门对地质和矿产资源执法监督的职能，中央和省一级保留一部分承担基础性、公益性、战略性地质勘查任务的骨干力量，将其余地质勘查单位逐步改组成按照市场规则运行和管理的经济实体;正确处理好中央与地方、部门与部门之间的关系，充分调动各种积极因素，发挥各方面的作用。
(二)改革的具体方案
将原地质矿产部所属的在各省、自治区、直辖市的地质勘查单位统一划归到各省、自治区、直辖市，由省级人民政府国土资源主管部门归口管理，并逐步实行企业化经营。地质勘查单位的资产、债权债务、人事、劳动工资关系一并划转。地质勘查单位下放到省一级后，不得再层层下放。地质勘查单位企业化需要有一个过程，要创造条件加快改革的步伐。地质勘查单位主要从事资源勘查、开发和工程勘查工作，同时积极开展多种经营和服务创收，逐步成为自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展的经济实体。地质勘查单位实行企业化过程中，要将从事资料信息、图书档案、博物展览、环境与灾害监测等公益性工作的单位划出来，继续作为国土资源管理的事业单位，由省级人民政府国土资源主管部门管理。在地质勘查队伍管理体制改革中，各省、自治区、直辖市都要保留一支技术素质较高、精干的地质勘查队伍，以满足国家及区域经济发展对地质勘查工作的需要。
各工业部门所属地质勘查队伍要根据不同情况积极推进改革。冶金、有色、轻工、化工、建材等部门所属的地质勘查单位，可以从各自部门的实际情况出发改组为企业或进入企业集团，具体实施方案由国家经贸委与各工业局研究确定。中国核工业总公司可以从所属地勘队伍中保留一支从事放射性矿产勘查的精干队伍，其余与原地质矿产部所属地质勘查单位同步进行属地化、企业化改革，具体实施方案由国防科工委研究确定。武警黄金地质勘查部队的改革，按照中央军委和国务院的有关决定执行。
组建中国地质调查局，作为国土资源部所属的组织实施国家基础性、公益性、战略性地质和矿产勘查工作的事业单位。具体职能和编制由国土资源部报中央机构编制委员会审定。
分流人员，减员增效。针对地质勘查队伍人员过多、效益不高的状况，要加大人员分流力度。通过改革，地质勘查队伍要面向市场，面向区域经济，发挥自身优势，因地制宜，积极构筑新的经济增长点，开辟非地质勘查业生产门路，安置富余人员和下岗职工，提高经济效益，改善职工生活。
二、完善地质工作体制改革
(一)健全公益性地质工作体系
国家根据经济社会发展的需要，开展公益性地质工作。中央政府主要负责全国能源和其他重要矿产资源远景调查与潜力评价，全国性、跨区域、海域基础地质和环境地质的综合调查与重大地质问题专项调查。省级政府主要负责为本地区经济社会发展服务的基础地质、矿产地质和环境地质调查。实施公益性地质调查，应当积极引入市场竞争机制，优选项目承担单位。中央和省级政府要按照部门预算管理要求，将公益性地质调查队伍经常性支出等有关经费列为本级财政支出的重点内容，切实保障公益性地质调查队伍的运行和工作的开展;项目经费按实际工作量核定。
(二)加强公益性地质调查队伍建设
中国地质调查局统一部署、组织实施中央政府负责的基础性、公益性地质调查和战略性矿产勘查工作，强化相关技术、质量、成果管理和社会化服务。以中国地质调查局直属单位为基础，按照人员精干、结构合理、装备精良、能承担重大任务的要求，抓紧建精建强中央公益性地质调查队伍。面向社会招聘专业技术骨干，充实野外地质调查技术力量，增强野外调查和科研能力。省级政府也要尽快建实建强地方公益性地质调查队伍，中国地质调查局应通过项目联系对其进行业务指导。
(三)建立矿产资源勘查投入良性循环机制
充分发挥中央、地方和企业等各方面的积极性，形成多渠道投入的地质勘查机制。加大财政对矿产资源勘查的资金投入力度，注重发挥对社会资金的引导作用。国家建立地质勘查基金(周转金)，着重用于重点矿种和重点成矿区带的前期勘查，主要通过招投标的方式确定项目承担单位，充分发挥各类地质勘查单位的人才和技术优势。对地质勘查基金出资查明的矿产资源，除国家另有规定外，一律采用市场方式出让矿业权(包括探矿权、采矿权)，所得收入由中央和地方按比例分成，主要用于补充地质勘查基金，实现基金的滚动发展。完善资源税、矿产资源补偿费和矿业权使用费政策。合理划分中央与地方矿产资源收益，按照取之于矿用之于矿的原则，确定使用方向，规范资金管理。中央财政和省级财政分成所得的矿产资源补偿费、矿业权使用费和矿业权价款等收益，主要用于矿产资源勘查。省级财政的资源税收入，也应拿出一定比例用于矿产勘查。省级政府可以根据需要，建立省级地质勘查基金。允许矿业企业的矿产资源勘查支出按有关规定据实列支。
(四)完善商业性矿产资源勘查机制
对可以由企业投资的商业性地质勘查项目，政府原则上不再出资，主要运用政策调控，改善市场环境，发挥引导和促进作用。对勘查风险大的能源和其他重要矿产资源，政府适当加大前期勘查力度，带动商业性矿产勘查投资。鼓励各类社会资本参与矿产资源勘查，培育壮大商业性勘查市场主体，确立企业在商业性矿产资源勘查中的主体地位。各类矿业企业新建矿山或采区，必须依法投资矿产资源勘查或有偿取得矿业权，承担投资风险，享受投资权益。鼓励国有矿山企业实行探采结合、组建具有国际竞争力的矿业公司或企业集团，增强在国内外参与矿产资源勘查开采的能力。鼓励国有地质勘查单位与社会资本合资、合作，组建矿业公司或地质技术服务公司。鼓励发展多种所有制的商业性矿产资源勘查公司和机制灵活的找矿企业。
(五)培育矿产资源勘查市场
深化矿产资源有偿使用制度和矿业权有偿取得制度改革，建立健全全国统一、竞争、开放、有序的矿业权市场。加强政策支持和信息引导，完善市场规则，建设交易平台，加强市场监管，维护市场秩序。培育矿产资源勘查资本市场，支持符合条件的勘查开采企业在境内外上市融资。培育和规范地质勘查市场中介服务机构，完善矿业权、矿产储量评估机制，健全矿业权评估师、矿产储量评估师制度，建立注册地质师执业准入资格制度。
(六)深化国有地质勘查单位改革
进一步落实国务院关于地质勘查队伍管理体制改革的方案，按照企事分开的原则，推进国有地质勘查单位改革。省级政府和国务院相关部门要认真总结改革经验，加大工作力度，因地制宜，区别对待，加强对改革的指导。各地区、各部门应从实际出发，积极探索有利于加强地质工作的改革途径。加强中央管理的地质勘查队伍建设，提高矿产资源勘查技术水平和国际竞争能力。按照事业单位改革的有关规定，尽快落实国有地质勘查单位离退休人员和在职职工社会保障政策。对实行属地化管理的地质勘查单位，地方政府要按照当地统一政策，加快落实有关住房改革所需经费，解决职工住房和基础设施建设欠账过多等问题。对其中的原中央直属地质勘查单位，在“十一五”时期，国家继续实行中央预算内投资补助，主要用于基础设施建设。积极推进分离地质勘查单位办社会职能的改革。对中央管理的煤炭、核工业、冶金、有色、武警黄金、化工、建材、盐业地质勘查单位，比照上述有关政策执行。
(七)扩大地质领域对外开放
以开放促改革促发展，全面提高矿产资源勘查开采效率和水平。进一步创造稳定、公平、透明的法制和政策环境，保障外商投资矿产资源勘查开采的合法权益。完善相关政策，加大鼓励外商投资矿产资源勘查开采的力度，积极引进国外资本、先进技术和管理方法。鼓励国内有条件的企业到境外开展重要矿产资源勘查开采。广泛开展地球科学和地质勘查领域的国际交流与合作。