1、字面意思不一样。
正科级是中国干部的一种行政级别，或行政事业单位、国企某个部门的规格。
科长指的是某个科的负责人。
2、行政级别不一样。
正科级指的是中国干部级别中的乡科级正职。
科长若是一个科级单位的负责人，即是正科级；若不是科级单位的负责人，则不是正科级。
3、行政关系不一样。
正科级存在于行政事业单位、国企等单位。
科长不仅存在于行政事业单位、国企，也存在于一般私营、外资企业。
4、同为乡科级正职时包含关系不一样。
正科级包含科长和二级主任科员、一级主任科员。
科长只是正科级中的领导岗位，属于正科级的一部分。
扩展资料
乡镇的主要负责人即党委书记和乡镇长都是正科级干部，拥有地方的实权。
但是非该级别的正科级干部如县城的政务中心如农业局、教育局等为科级单位，主要负责人是为正科级干部，但是实权却不如乡镇长。至于更高级别的如省市行政机构里的正科级干部更是没有多少实权。
正科级干部权利与权力
权利主要依据公务员法的规定
（一）获得履行职责应当具有的工作条件；
（二）非因法定事由、非经法定程序，不被免职、降职、辞退或者处分；
（三）获得工资报酬，享受福利、保险待遇；
（四）参加培训；
（五）对机关工作和领导人员提出批评和建议；
（六）提出申诉和控告；
（七）申请辞职；
（八）法律规定的其他权利。
参考资料来源：百度百科—科长
参考资料来源：百度百科—乡科级正职（正科级）
1、字面意思不一样。
正科级是中国干部的一种行政级别，或行政事业单位、国企某个部门的规格。
科长指的是某个科的负责人。
2、行政级别不一样。
正科级指的是中国干部级别中的乡科级正职。
科长若是一个科级单位的负责人，即是正科级；若不是科级单位的负责人，则不是正科级。
3、行政关系不一样。
正科级存在于行政事业单位、国企等单位。
科长不仅存在于行政事业单位、国企，也存在于一般私营、外资企业。
4、同为乡科级正职时包含关系不一样。
正科级包含科长和二级主任科员、一级主任科员。
科长只是正科级中的领导岗位，属于正科级的一部分。
参考资料来源：百度百科—科长
参考资料来源：百度百科—乡科级正职（正科级）
本回答被网友采纳在市一级行政部门中，正科级属于市局下面各科室的一把手行政级别，也是你说的科长。比如某市地税局局一科科长而在区县一级中，正科级则是区县局的一把手的行政级别。比如，县交通局局长。
正科级是公务员身份，或者事业单位，国有企业才有的行政身份。而科长不仅存在在公务员，事业人员系统中，也存在在一些私营，民营，外企中。这里的科长就不再局限于正科级了。
还有些属于乡镇一级的科长，他们只是副科级级别，却也被称为科长。由此可见科长不一定就应对正科级级别。
当然，一楼的回答也是他们之间的不同点。