丹顶鹤在湿地环境中属于上层食物链，他的存在与否影响着湿地生物的多样性。日本北海道的阿依努人把生活在钏路湿地的丹顶鹤称为“湿地之神”。目前它们面临的威胁主要有：栖息地的破坏。在中国东北和远东地区人类活动对湿地的破坏在1960年代以后急剧加重，对湿地的围垦不仅侵占了丹顶鹤原有的栖息地，还阻断了原本连通的水系，而且当地的气候日趋干旱，水域面积严重缩小。此外人类活动制造的污染也威胁着丹顶鹤的生存，如烧荒等开垦方法，对丹顶鹤的巢材和掩蔽处毁坏严重，致使其分布更为狭窄。偷猎：由于自古东亚地区对丹顶鹤就有着对其羽毛和器官的需求，猎杀就难以避免。虽然近些年随着保护法规的建立，直接猎杀丹顶鹤的事件很少发生，但是由于为了猎杀其他水禽而投毒的方法，也误杀了不少的丹顶鹤。
目前，丹顶鹤是国际自然保护联盟的红皮书中记载的濒危物种，也被列入在濒危物种国际贸易公约的附录一中。所以丹顶鹤在我国是国家一级保护动物。