对审计发现的不合规发票问题，不应以表象掩盖实质，应进一步查清情况，根据问题的实质作出恰当的审计定性和处理。
一是要查清不合规发票是否为业务内容真实的发票，如果内容真实，只是填开的内容不完整、不规范、不清楚，用章不正确等，此种情形应可按以上提到的审计报告中的通常做法进行审计定性及处理。倾向《中华人民共和国会计法》中有明确定性及处理处罚规定的，依据《中华人民共和国会计法》的规定进行定性和处理处罚；《中华人民共和国会计法》中定性及处理处罚依据不明确的，依据《中华人民共和国发票管理办法》和《中华人民共和国发票管理办法实施细则》或其他有关法规进行定性和处理。因为从法律的层级关系来看，《中华人民共和国会计法》的法律层级要高于《中华人民共和国发票管理办法》和《中华人民共和国发票管理办法实施细则》的法律层级。但审计实事应当具体、明确，切忌笼统表述，形成“一顶帽子共同戴”，模糊法律责任。
二是要查清不合规发票是否为伪造、变造的会计凭证。如果发票反映的为虚假的业务内容，则应定性为：伪造、变造的会计凭证。定性依据为：《中华人民共和国会计法》第九条：“各单位必须根据实际发生的经济业务事项
进行会计核算，填制会计凭证，登记会计账簿，编制财务会计报告。任何单位不得以虚假的经济业务事项或者资料进行会计核算”的规定。处理处罚依据为：《中华人民共和国会计法》第四十三条：“ 伪造、变造会计凭证、会计账簿，编制虚假财务会计报告，构成犯罪的，依法追究刑事责任。有前款行为，尚不构成犯罪的，由县级以上人民政府财政部门予以通报，可以对单位并处五千元以上十万元以下的罚款；对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可以处三千元以上五万元以下的罚款；属于
国家工作人员的，还应当由其所在单位或者有关单位依法给予撤职直至开除的
行政处分；对其中的会计人员，并由县级以上人民政府财政部门吊销
会计从业资格证书”的规定。
三要查清不合规发票是否导致对方少缴、不缴或骗取税款。如果导致对方少缴、不缴或骗取税款的行为，则应定性为：入账发票不合规导致其他单位或个人未缴、少缴或者骗取税款。定性依据为：《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收”的规定。处理处罚依据为：《中华人民共和国发票管理办法》第三十九条 ：“ 违反发票管理法规，导致其他单位或者个人未缴、少缴或者骗取税款的，由税务机关没收非法所得，可以并处未缴、少缴或者骗取的税款一倍以下的罚款”的规定。
此外，要查清不合规发票是否隐藏公款送礼，单位行贿，设置“
小金库”，贪污公款，私分国有资产，偷逃税款等性质恶劣问题。对这些问题应依据相关法规作出不同的定性及处理，决不能仅仅依据《发票管理办法》或
《会计法》以“不合规发票入账”作笼统定性和处理，必须对不合规发票进行深挖细纠，具体剖析，做到严谨准确定性，使不同性质的问题得到合法的法律制裁。