清康熙二十六年(1687年)以威清、镇西二卫置清镇县，取二卫首字为名，属安顺府。1992年撤县设市。
1999年末，清镇市行政区域辖4个镇、6个乡（其中3个民族乡）、299个村委会、43个居委会。市政府驻红枫湖镇。
2001年末，清镇市辖6个乡（其中3个民族乡），4个镇、299个村委会、43个居委会。
2002年9月5日，贵州省政府批准同意调整红枫湖镇行政区划，设立青龙街道。将红枫湖镇所辖的中心、青龙、东北等20个村及新华路、建国路、新民路等19个居委会辖区划由青龙街道管辖，红枫湖镇所辖行政区域相应进行调整。
2002年末，清镇市辖4个镇、6个乡（其中3个民族乡），299个村委会、43个居委会。
2003年末，清镇市辖1个街道、4个镇、6个乡（其中3个民族乡），299个村委会、32个社区。
2004年，清镇市政府驻地改为青龙街道办事处。2006年3月27日，《省人民政府关于同意清镇市调整站街镇红枫湖镇部分行政区划的批复》同意清镇市调整站街镇和红枫镇部分行政区划，将原属站街镇的骆家桥村划归红枫湖镇管辖。
2007年11月12日，经贵阳省政府批准，新店镇政府驻地自新店村迁移到徐家沟村。2007年末，清镇市辖1个街道、4个镇、6个乡（其中3个民族乡），30个居委会（社区）、299个行政村。2010年末，清镇市常住人口46.80万人。2011年9月，正式将清镇市的百花湖乡移交金阳新区管理。
2011年末，清镇市辖1个街道、4个镇、6个乡（3个民族乡）：青龙街道、红枫湖镇、站街镇、卫城镇、新店镇、百花湖乡、麦格苗族布依族乡、暗流乡、王庄布依族苗族乡、流长苗族乡、犁倭乡。共有38个居委会、299个行政村，1820个村民小组。市政府驻青龙街道红旗路3号。
2011年6月，将青龙街道集中连片的10个城区居委会划出设立红新、新岭2个社区服务中心。2012年4月28日，百花、巢凤、红塔3个社区服务中心正式挂牌成立。2012年11月15日，国务院批准同意将清镇市的百花湖乡划归贵阳市观山湖区管辖。
2013年12月16日，贵州省人民政府同意撤销清镇市犁倭乡，设置犁倭镇，镇人民政府驻犁倭村，所辖行政区域不变；同意撤销清镇市暗流乡，设置暗流镇，将卫城镇关口村划入暗流镇管辖，镇人民政府驻关口村。 清镇市境地势南高北低，大部分海拔在1180-1450m之间，最高峰宝塔山，海拔1762m，最低点在猫跳河口，海拔766m。
地貌上属以山地、丘陵为主的丘陵盆地。南部浅丘洼地、缓丘坡地，中部丘陵盆地，地势较开阔；北部岩溶丘陵山地，河谷地带切割甚深。清镇市山地占30.5%，丘陵占59%，坝地占5.5%，湖泊水面占5%。 清镇市属北亚热带季风湿润气候。年平均气温14.1℃，极端最高气温34.5℃，极端最低气温-8.6℃。最热月7月，平均气温22.7℃，平均最高气温27.1℃；最冷月1月，平均气温4.1℃，平均最低气温1.7℃，气温年较差18.6℃。无霜期283天；市境温度以鸭池河谷地带较高，东部、西南部低中山山地略低。冬暖夏凉、气候温和、舒适宜人、季风明显。
冬半年（10-3月）盛行东北风，夏半年（4-9）月盛行偏南风，年主导风向NE，频率13%。年平均风速2.7米/秒，最大风速19米/秒。
年雨量1180.9mm，市境雨量1021.2—1426.9mm间，雨量由南向北递减，东部和西南部北坡为清镇的雨量中心，北部鸭池河谷雨量偏少。夏半年雨量占年雨量80.4%，夏季（6—8）月占46.5%。雨季平均始于4月19日，终于10月17日，雨季长181天，一日最大降水量221.2mm。雨季雨量占年雨量83.7%。雨日（雨量≥0.1mm）186天，是全国多雨日区。雨量丰沛、气候湿润、雨热同季、暖湿共节。 年平均相对湿度82%，最大月83%，最小月76%。最大极值100%，最小极值10%。 年平均总云量8.0成，阴天（云量8>成）230天，晴天（云量<2成）20天；年日照时数1228.2小时，日照百分率28%。由于山体遮挡，东部、西南部山地日照时数少100—200小时，北部丘原谷地少50—100小时；一年中63%的日子浓云密布或落雨不节，另32%的日子云量较多，致太阳辐射损失多，年总量87.2千卡/cm2?年，属全国低值地区。阴雨常连绵、寡照辐射少。 一年四季，灾害性天气时有发生。以春、夏、秋季低温冷害、春旱、伏旱、冰雹较为严重，洪涝、大风、凝冻亦常致害。
