1999年，医院迁入了投资1.6亿元建成的24层综合医疗大楼，大楼内部功能先进齐全，拥有国际一流的现代化手术室，是国内较早较完善的智能型医疗大楼。医院围绕优美化、洁净化、饮食绿色化、无毒无害化、医疗设施管理安全化等方面对后勤和医院的环境进行了建设，为百姓看病提供了良好的就医环境。
1860年，法国天主教会在法国政府捐助下，在烟台创办“天主教堂施医院”，是山东建院最早的规模性西医医院之一。这便是烟台山医院的前身。
1939年—1949年，经过抗日战争、解放战争，医院于1949年11月重新开展工作，当时医院院名是烟台市工人医院。
1953年，经山东省人民政府批准，将原“烟台市工人医院”更名为“烟台市市立第二医院”。当时，医院工作人员112人,其中卫生技术人员92人。
1959年4月，原“烟台市市立第二医院”更名为“烟台市立烟台山医院”。同年10月，烟台市人民委员会发布通知，将原“烟台市立烟台山医院”更名为“烟台市立医院”。当时，医院床位170张，工作人员164人，其中，卫生技术人员134人。
1972年，医院更名为“烟台市人民医院”。当时有病床210张，工作人员240人，卫生技术人员175人。
1983年12月，烟台市人民政府发布通知，将原“烟台市人民医院”更名为“烟台山医院”。当时，医院病床350张，工作人员430人，卫生技术人员334人。
1986年，烟台市卫生局发布通知将原“烟台山医院”更名为“烟台市烟台山医院”。
1990年，医院增挂烟台华侨医院的牌子。
1991年由烟台市科学技术委员会批复，烟台山医院成立烟台市骨科研究所。
1994年6月，医院成为泰山医学院教学医院，医院成立了6个教研室，使医、教、研为一体，促进了医疗水平的提高与发展。
1997年8月，医院骨科正式确定为省级特色专科。这是目前全省地市级医院中唯一的一个骨科特色专科。
1998年2月，医院骨科、神经内科成为首批烟台市医疗卫生重点学科。心血管内科、皮肤科、神经内科为首批烟台市医疗卫生特色专科。同年6月，医院成为烟台市创伤急救中心并举行了挂牌仪式。
1999年5月，经山东省人民政府批准，烟台山医院与香港大学合作成立山东省烟台关节置换中心。该中心是香港回归后在国内合作的首家人工关节置换中心。双方将在人工关节置换外科领域、人才培养、学术交流、科研合作等方面进行积极而广泛的合作。
1999年9月，医院各科室开始迁入了投资1.6亿元建成的24层综合医疗大楼，标志着医院的就诊环境迈上了一个新的台阶。11月24日，医院在抢救大舜”号海难者的过程中因组织得力、抢救及时，使生还者得到了精心的医疗和护理，受到上级领导高度评价，在社会上树立了很好的形象。
