番木瓜炭疽病有两种真菌，其一属半知菌亚门，盘长孢属，番木瓜炭疽病菌，主要侵害果实和叶柄；其二属半知菌亚门，刺盘孢属，番木瓜炭疽病菌，主要侵染叶片及叶柄，偶尔在病果老病斑上发生。在自然条件下，两菌均仅产生分生孢子。
分生孢子生于分生孢子盘上，分生孢子盘初埋生于表皮下，表皮破裂后裸露于表皮外。圆盘孢属番木瓜炭疽病菌的分生孢子梗，无色，短杆状，聚生，无或有1～2横隔，大小为32.5～35μm×5.8～6.6μm。分生孢子顶生于分生孢子梗上，单胞，无色，长椭圆形，两端细胞质较浓厚，中间稀薄，大小为12.5～32.5μm×3.8～6.8μm，在水中数小时后萌发，分生孢子变成两个细胞，每个细胞均生1～2芽管。毛盘孢属番木瓜炭疽病菌的分生孢子盘，约57.5～100μm，褐色至黑色，刺状刚毛散生于分生孢子盘上，有1～2隔膜，不分枝，上尖，基部略宽。分生孢子无色，长椭圆形，内含1～2油点，大小为13～20μm×4～5.8μm。寄主范围，除番木瓜外，尚可侵害杧果和夹竹桃。