中小企业信用担保资金的管理采取多元化的支持方式，以促进担保机构和再担保机构为中小企业的服务。以下是具体支持方式及额度的规定：
首先，对于业务补助，担保机构为中小企业提供担保服务时，根据企业规模不同，给予不同比例的补助。中型企业担保业务补助不超过年平均在保余额的1%，小型企业为2%，微型企业则为3%。再担保机构的补助则为中型企业0.5%，小型和微型企业的再担保业务补助为1%。
其次，保费补助鼓励担保机构提供低费率服务。担保费率低于银行同期贷款基准利率50%的中小企业业务，担保机构可获得补助，补助比例不超过担保费率与基准利率之差的50%，特别关注小型微型企业这部分业务的补助。
资本金投入方面，为了增强担保机构的信用水平和业务能力，对于符合条件的机构，可按照新增出资额的30%给予注资支持，但这种支持方式不设上限。
此外，还有其他方式用来鼓励和引导担保机构开展中小企业担保业务，但具体细节未在文中详述。
需要注意的是，担保机构和再担保机构可以同时申请多种支持方式，但年度资助总额有限。单个担保机构最高可获2000万元资助，而单个再担保机构的年度资助上限为3000万元，资本金投入的资助额度不受此限制。
为规范和加强中小企业信用担保资金管理，提高资金使用效率，2012年5月25日，财政部、工业和信息化部以财企〔2012〕97号印发《中小企业信用担保资金管理办法》。该《办法》分总则，支持方式及额度，申请条件及要件，资金申请、审核及拨付，监督检查，附则6章28条，自印发之日起施行。《财政部 工业和信息化部关于印发〈中小企业信用担保资金管理暂行办法〉的通知》（财企〔2010〕72号）予以废止。