土地确权后有纠纷仍然是土地确权纠纷问题，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。两个个人或者个人与单位之间的争议，由乡级人民政府处理；两个单位之间的争议由县级人民政府处理。假如对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院提起行政诉讼。
1.协商处理，争议发生后先由当事人之间协商解决。所谓协商，就是指各方在自愿互谅的基础上，依照法律的规定，直接进行磋商，自行解决争议。如果争议各方达成一致意见则协商成功。如果协商不成或者协商达成了协议而另一方又反悔，不履行协议，他方可以按照提请人民政府处理。
2.政府处理。当事人协商不成的由人民政府处理。两个个人或者个人与单位之间的争议，由乡级人民政府处理；两个单位之间的争议由县级人民政府处理。人民政府裁决申请后，一般是对当事人先进行调解，调解不成的进行行政裁决。行政裁决须以人民政府的名义并出具处理决定书，该决定书加盖人民政府处理土地所有权和使用权争议的专用章。
3.提起诉讼。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定之日起30日内，向人民法院起诉。
法律依据：《土地管理法》第十六条规定：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。两个个人或者个人与单位之间的争议，由乡级人民政府处理；两个单位之间的争议由县级人民政府处理。
假如你对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院提起行政诉讼。