康熙十二年（1673年）下令将三藩俱撤回山海关外。
吴三桂率先举兵叛乱，以反清复明为号召，自称“总统天下水陆大元帅、兴明讨虏大将军”，分兵陷湖南、四川。耿精忠（耿继茂之子）、平南王尚可喜之子尚之信先后响应于福建和广东，广西、陕西等地也先后发生叛乱。
十二月，陕西提督王辅臣亦反，吴三桂急派其得力大将左都督王屏藩出汉中支援；西战场形势趋于严峻。
康熙帝集中主力南征吴三桂，同时停撤平南、靖南二藩。自康熙十五年（1676年）起，战场形势开始有利于清军，陕西的王辅臣与满清朝廷对峙三年之后，终于接受康熙的招抚，耿精忠势穷乞降，尚之信也继而降清。
吴三桂在占领湖南后，未趁辅臣之叛，溯江北上，坐失战机，而清军则贯注全力，收复湖南大片土地。康熙十七年，吴三桂在衡州（今湖南衡阳）称帝，国号“大周”，改元“昭武”，大封百官诸将。当年秋，吴三桂病死，其孙吴世璠继承帝位。清军乘机分路并进，湖南、贵州、广西、四川等沦陷各省次第光复。二十年清军会攻云南省城昆明，吴世璠绝望自杀。
至此，这场历时8年，蔓延10省的三藩之乱才平定下来。三藩之乱的平定，有利于国家的统一，边疆的开发。“康乾盛世”也由此开端。
吴三桂
吴三桂(1612年6月8日-1678年10月2日)，字长伯，一字月所，明朝辽东人，祖籍江南高邮(今江苏高邮)，锦州总兵吴襄之子，祖大寿外甥。明末清初著名的政治、军事人物。