扬州大学前身可追溯到1902年由中国近代著名实业家、教育家张謇先生创建的通州师范学校，是一所历史悠久、声誉卓著的百年名校。学校前身——原江苏农学院和扬州师范学院便是在南通学院农科和通州师范学校文史科的根基上发展起来的，参与合并的其他4所高校也均有60年以上的独立办学历史。
1902年张謇在南通创办通海农学堂及通州师范学校；1906年张謇将通海农学堂附设到通州师范学校，成为该校农科；1952年8月全国院系调整，南通学院农科与苏南文教学院农业教育系、江南大学农艺系合并建立苏北农学院，即江苏农学院前身；通州师范学校文史专修科与扬州中学数理专修科、苏南丹阳艺术学校艺术专修科、苏北师资训练学校教育专修科合并建立苏北师范专科学校，即扬州师范学院的前身。 原扬州师范学院 其前身为苏北师范专科学校，建于1952年。1952年暑期开始招收第一批学生，同时集中了苏北行署文教处委托私立通州师范学校代办的文史专修科，扬州中学代办的数理专修科，苏南丹阳艺术学校代办的艺术专修科，以及苏北师资训练学校代办的教育专修科的学生。1958年夏，中文、数学两专业开始招收本科生；1959年，扬州师范专科学校并入，苏北师范专科学校改为“扬州师范学院”。 原江苏农学院 其前身为苏北农学院，建于1952年，由原来的南通学院农科、苏南文化教育学院农教系和江南大学农艺系三部分组成。
张謇先生于1902年创立私立通州师范学校；1906年，通州师范内设农科；1910年，分设初高两等农校；1912年改为甲、乙两种农校；1916年，乙种农校停办，专办甲种农校；1919年，甲种农校升为农科大学；1928年，农科与医科、纺科合并，定名为私立南通大学；1930年在民国政府重新注册登记时更名为私立南通学院；1938年农科迁上海；1942年农科迁天长；1947年，农科迁回南通仍为私立南通学院；1952年，农科迁扬州，同苏南文教学院农教系、江南大学农艺系合并组建为苏北农学院，3校调整来的教师64人，学生200人，其中南通学院110人，苏南文教学院38人，江南大学52人。南通学院副院长兼农科主任冯焕文教授为首任苏北农学院院长。 苏南文化教育学院原名江苏省立教育学院，创建于1928年；江南大学由荣德生及其子荣一心于1946年创办。 1971年南京农学院迁扬州，两院合并定名为江苏农学院。1979年南京农学院在原校址恢复建制，江苏农学院仍在扬州校址办学。 原扬州工学院 其前身为扬州工业学校，建于1952年。
1952年7月扬州中学工科调整并入工校，同年11月招生1200名；1953年更名为“华东第二工业学校”，隶属第二机械部领导；1955年西安建筑工程学校建筑专业教师和学生并入；1956年更名为“扬州建筑工程学校”；1958年升格为“扬州工业专科学校”，隶属江苏省领导；1961年更名为“扬州农业机械专科学校”，1962年恢复“扬州工业专科学校”校名；1965年，学校划归第五机械工业部领导，升格为“扬州工业学院”；1969年学校被迫停办；1972年，复办“扬州光学机械学校”，1978年以“南京工学院扬州地区大专班”名义增招300名大专学生；1980年经国务院批准恢复“扬州工业专科学校”，隶属关系回归江苏省；1987年升格为“扬州工学院”。 原扬州医学院 前身是苏北卫生行政干部学校（高邮），1951年迁至扬州，与上海私立惠生高级助产职业学校合并，更名为苏北扬州助产学校；1953年更名为江苏省扬州医士学校；1954年南通医士学校并入；1956年更名为江苏省扬州医士、助产士学校；1958年1月又更名为扬州卫生学校；1958年6月升格为扬州医学专科学校；1959年8月扬州中医专科学校并入扬州医专；1962年6月扬州医学专科学校停办；1962年10月省卫生厅决定扬州医专附设卫校改名为扬州卫生学校，继续培养中级医、护人才，“文革”期间停止招生；1976年12月扬州卫校扩建为江苏新医学院扬州分院，设3个专科专业5个中专专业；1978年下半年，由于原江苏新医学院撤销，扬州分院经国务院批准，成为高等医学专科学校；1984年，教育部批准扬州医专升格并定名为“扬州医学院”。 原江苏商业专科学校 其前身是南京商业专科学校，源起于1958年成立的南京市财经学校。1963年在南京市财经学校的基础上成立了由省市合办的南京商业职业学校；1965年夏初经省政府批准改建成南京商业专科学校；1965年秋学校再易名为南京半工半读商业专科学校；1971年学校停办，1979年恢复南京商业专科学校，改名为江苏商业专科学校；1982年2月学校迁来扬州，与驻扬的江苏省商业学校合并建校，成立新的“江苏省商业专科学校”。 原江苏省商业学校是1952年10月在私立镇江新华中学基础上创建的，原名为苏南镇江商业学校。1953年江苏建省时改称江苏省镇江商业学校，1955年8月迁来扬州，并改名为江苏省商业学校。 原江苏水利工程专科学校 其前身为1950年创建于南京的淮河水利专科学校，1951年1月改归华东水利部领导，7月改称华东水利专科学校；1952年10月，一部分与华东地区其他高校的水利系(科)合并，成立华东水利学院，一部分改办中专，定名华东水利学校，1954年10月改由中央水利部领导，1955年7月更名为水利部南京水利学校；1958年7月学校下放江苏省，同年9月升格为南京水利学院，附设中专部；1960年1月迁校扬州，改称江苏水利学院；1962年6月大学部学生调整到苏北农学院，中专部停办；同年9月水利电力部接收学校，改为水利电力部扬州水利学校。1970年1月学校再次下放江苏省，改称江苏省扬州水利学校；1984年4月经江苏省人民政府批准成立“江苏水利工程专科学校”。 1992年5月19日经国家教委批准，由扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏水利工程专科学校、江苏商业专科学校联合组建扬州大学。学校是全国率先进行合并办学的高校，开创中国高等教育改革先河。
1993年11月16日，学校隆重举行授暨奠典礼；
1995年5月16日，学校召开干部会议，正式启动实质性合并进程；同月，校本部办公楼落成；
1997年，学校成立经济管理学院、建筑工程学院，原有学院的旧格局被打破；
1997年4月16日，江苏省和扬州市、扬州大学签署省市共建扬州大学协议；同年9月，教学主楼奠基，荷花池校区建设拉开序幕；
1998年1月，全国高等教育管理体制改革经验交流会在扬州大学举行；
1998年至1999年上半年，学校相继召开学科建设与科研工作会议、首次教学工作会议、首次学生工作会议，学校工作中心开始转向教学、科研与学科建设方面；
1999年9月，荷花池主校区教学楼投入使用，中心校区基本建成；
2000年，学校召开后勤改革工作会议和科技产业工作会议，大力推进后勤工作社会化改革和校办产业改革；
2002年之后，基于学科建设需要，学校又进行院系重组；
2002年，学校与南京师范大学、苏州大学等八所省属高校联建宿迁学院；
2004年，学校以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估；
2008年5月12日，学校在扬州市扬子津科技园建设第八个校区；
2009年9月，扬子津校区正式建成，首批4个学院入驻该校区；
2011年，学校与南京师范大学、南京信息工程大学等6所省属高校在省内具有进行自主选拔录取资格；同年，学校被认定为第二批江苏省、第三批国家级语言文字规范化示范学校；同年学校入选教育部卓越工程师培养计划；
2012年5月19日，扬州大学迎来110周年华诞；学校举行建校110周年、在扬州办学60周年、合并办学20周年校庆活动；
2013年2月，学校正式成立研究生院；
2014年6月，学校获江苏省科学技术厅和教育厅批准筹建省级大学科技园；
2014年10月，学校被列为首批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目高校；
2015年9月，江苏省人民政府和教育部联合印发《江苏省人民政府教育部关于共建扬州大学的意见》，该校成为新一批省部共建高校。
