于是1981年，妙莲法师决定卓锡台湾。法师在台各处弘扬净土法门，劝人老实念佛，颇有大陆灵岩山寺印祖之遗风，受到广大佛弟子的爱戴与支持。1984年法师见时机成熟，并在护法信众的支持下，遂于南投埔里镇，创建了台湾灵岩山寺。
台湾灵岩山寺自1986年起建开始，首先完成念佛堂、东西厢寮房、五观堂、大斋堂、总务堂、讲堂等第1期工程；1988年陆续完成第2期工程，3层立体停车场、观音殿、华严殿、阅藏楼、藏经楼；第3期工程是兴建山门、许愿池、护法寮；第4期工程是地藏殿、弥陀塔，整个工程十分庞大，工程费超过新台币6亿元。妙莲法师建立广大丛林的，发愿培育200万僧众，当然，只有灵岩山寺是无法成就此愿的，因此，法师也汲汲于各地择地增建大丛林，以培育僧团人才，及提供信众共修念佛的道场。
截今年（公元1999年）为止，在法师感召下，已有超过200名的青年男女出家，其中还包括五、六十位年龄在十九岁以下的小沙弥。虽然有200位之多的僧众住在山寺，但是丛林的规短一点也不马虎。山僧以净土法为解门，以念佛持戒为行门，生活规律且精进。每天凌晨2点50分打板起床上早殿，5时20分下殿，以排队跑山方式锻炼身体，6时过堂用早斋，8时至11时、下午2时至5时，以《净土五经》及念佛为日课，或视需要行出坡律仪，11时过堂午；下午1时打板上殿用，晚上7点至9点半燃「慧命香」至10时方息。
法师严谨的修行风格，意图延续中国古丛林道场宗风。
1996年1月14日，灵岩山寺举行大殿落成及其开光大殿，但无常的天灾却在2年后使其灭坏－－1999年9月21日，台湾发生了百年来仅见的大地震，震央正在南投集集镇，许多位于埔里的寺院、民宅也受灾惨重，这时妙莲法师正好在美国弘法，灵岩山寺几乎是完全倒塌，寺中僧侣亦疏散到他地。
在全球5大洲建立十方丛林道场，是妙莲法师的弘愿，1991年，美洲的华侨子弟，同心献地百甲，劝请法师在美兴建道场度众，于是台、美两地几乎是同时进行。如今台湾灵岩山寺虽然在921地震中全毁，但是妙莲法师的愿力并未有丝毫的减损，相信不久的将来，台湾灵岩山寺或就地重建，或易地改筑，必将很快重现在世人的眼前。
2008年6月25日下午13:20示寂
妙莲老和尚享寿88岁，在佛教界地位崇高，拥有数百万信众，其中，最知名的就是国际巨星刘德华，也是妙莲老和尚的皈依弟子，现在老和尚圆寂，很多信众关心灵岩山寺的未来。灵岩山寺法师：“老和尚交代说以后灵岩山寺，由7位当家共同主持，像一个团队这样共同打理。
