异地住院农村合作医疗备案的流程如下：
1、登记审核阶段：各村参合人员以户为单位向本村村委会提供居民户口本，有村委会负责对本村符合条件人员的基本情况，进行核实增减，最终上报确定人员名单一式四份。
2、初步审核阶段：各村村委会将本村参合人员信息核实后缴乡包村干部，由各包村干部对其所包行政村的参合人员核查统计表及所提供材料，进行初步审核把关。
3、复核审查阶段：乡卫生工作办公室对包村干部初审后的资料进行复核验收。
4、公开公示阶段：各村参合人员资料经乡卫生办复核验收后，各村以村为单位将登记结果张榜公示，接受群众监督。
5、汇总上报阶段：乡卫生工作办公室将公示后的结果进行汇总上报召陵区卫生局。
异地备案需要的证明材料：
1、驻地公安机关办理的有效居住证明。
2、社会保障卡及复印件。
3、转诊转院确定表。
4、收治医院出具的病情介绍资料。
注意事项
1.异地安置人员需要住院的,应该通过电话等方式在所在医疗保险经办机构办理备案手续,然后持本人社保卡(证)及身份证办理就医住院手续,其它就医流程与转诊人员就医流程相同。
2.按照相关政策,统筹基金目前暂由各市经办机构与定点医院直接结算。从2012年开始,原则上每月结算一次,于次月15日前结算完毕。如住院人次较少,可每季度结算一次。
3.异地就医一般只能报销住院费和急诊费，只有少数城市可以报销结算门诊费用；
4.异地就医的报销范围和报销比例：以就医地医保目录为准，如药品、医疗设备、诊疗项目、服务设施等，需要纳入就医地医保目录才可以。报销比例以参保地政策为准，包括起付线、报销比例、报销限额等等。
5.如果是支持异地直接结算的医院，在办理出院手续时，在结算窗口就可以直接完成结算。如果遇到特殊情况，比如系统故障等，那么还是需要带上就诊资料，回参保地完成报销。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》第二十四条规定：国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十七条规定：参加职工基本医疗保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费达到国家规定年限的，退休后不再缴纳基本医疗保险费，按照国家规定享受基本医疗保险待遇；未达到国家规定年限的，可以缴费至国家规定年限。
《中华人民共和国宪法》第四十五条规定：中华人民共和国公民在年老、疾病或者丧失劳动能力的情况下，有从国家和社会获得物质帮助的权利。国家发展为公民享受这些权利所需要的社会保险、社会救济和医疗卫生事业。国家和社会保障残废军人的生活，抚恤烈士家属，优待军人家属。国家和社会帮助安排盲、聋、哑和其他有残疾的公民的劳动、生活和教育。
第四十六条规定：中华人民共和国公民有受教育的权利和义务。国家培养青年、少年、儿童在品德、智力、体质等方面全面发展。
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