全镇辖11个村和2个社区，共204个自然村，总面积118平方公里，总人口4.19万人。 西王村 引新兴村 横龙村 三户村 青横村 团结村 苍南村 皖山村 白衣村 伏会村 周岗村 清溪村 兴隆村 许黄村 董城村 景林村 半湖村 三星村 卞山村 汤山村 清溪社区
清溪社区座落在含山县清溪镇中心，位于县城和巢湖市中心地带，巢宁路穿境而过，交通便利、区位优势明显，是清溪政治、经济、文化、教育、医疗和商贸中心。社区辖9个自然村、5个村民组、2个三峡移民点，总面积4平方公里，其中农业耕地2300亩，常住人口7300多人，暂住人口4500多人，农业人口2200人，2010年人均纯收入达6498元。 社区内拥有各类单位、企业54家，住宅小区53处，设有1个党总支，3个党支部和14个党小组，共有100名党员，党总支委员5人。根据上级打造综合性集镇要求，社区结合自身实际，成立了工会、妇联、共青团等党群团体，设立了信访接待室、纠纷排查调处中心、城镇管理办公室和警务室等办事机构，建立了青少年志愿协会、文化体育活动中心等群众社团，有效地方便了群众办事，维护了社会稳定和谐。
巨兴社区
巨兴社区位于含山县清溪镇北部、清巨路终端，环半路穿境而过，交通便利、区位优势明显。全村辖12个自然村和一个街道，总面积约为7平方公里，其中耕地1852亩，山场面积775亩，水面面积311亩，总户数1366户，人口3655人，其中农业人口2700人，非农人口955人，设有一个党总支，3个党支部，党员人数72人。 近几年来，在镇党委、政府的正确领导下，社区两委干部进一步解放思想，转变传统种植观念，加大产业结构调整、增强发展的信心和决心，充分发挥优越的地理位置，不断加大招商引资力度，大力拓展种植、养殖业，取得显著成绩，形成了以绿茶、红打瓜子为代表的特色产业种植基地，有力地促使了农民增产增收。 有效设施新农村示范村建设，按照“道路干净、河渠畅通、村居整齐、院落清洁、圈厕卫生”的新要求，社区所有村都实现了村村通水泥路的目标，12个自然村全面完成了新农村建设，其中曹庄村市级示范村建设验收合格，受到了上级领导的一致好评，被评为“市十佳乡村”荣誉称号，巨兴红瓜籽被列入全省100个特色产业之一，西洪玉石籽石榴也被科技部列入科技成果转让项目得到国家财政支持。
马桥
马桥村位于含山县清溪镇街道北侧、清巨路旁，距巢宁路仅3公里，交通便捷，区位优势明显。全村辖21个自然村，1214户，4300人，耕地总面积4100亩，其中退耕还林面积980亩，2010年人均纯收入6310元。
有效设施新农村示范村建设，按照“道路干净、河渠畅通、村居整齐、院落清洁、圈厕卫生”的新要求，全村所有自然村都做到了村村通水泥路的目标，大方、应村的县级示范村建设已全部结束，并验收合格，受到了上级领导的一致好评，目前市级示范村大贾村新农村建设正在有条不紊开展中。 该村着力提高未成年人义务教育水平，不断加强马桥小学基础设施建设，确保适龄儿童入学率达100%；优化新型农村合作医疗事业，参保率96.5%，真正解决了农民看不起病、看病难等问题。连续多年被镇党委、政府评为“先进党支部”和“先进行政村”等荣誉称号。
