红色警戒3起义时刻和红色警戒3在主要的区别在于它们的剧情和游戏内容。
红色警戒3起义时刻是红色警戒3的资料片，它在原有的基础上增加了新的单位和任务，扩展了游戏的故事情节。起义时刻的剧情紧接在红色警戒3的原版剧情之后，玩家将继续扮演指挥官的角色，对抗邪恶势力。
具体来说，红色警戒3起义时刻新增了百合子传、战熊挑战、帝国崛起等三个战役，每个战役都有独特的任务和挑战。同时，起义时刻也新增了一些单位和建筑，例如帝国的海翼和帝国的天皇机器人，以及盟军的平定者自行野战火炮等。
相比之下，红色警戒3原版游戏的主要内容是盟军、苏联和帝国三大势力的对抗，以及各个势力的战役和任务。原版游戏的剧情和故事情节更加丰富和复杂，包含了大量的过场动画和角色对话。
综上所述，红色警戒3起义时刻和红色警戒3的主要区别在于剧情和游戏内容的不同。起义时刻在原版游戏的基础上增加了新的单位和任务，扩展了游戏的故事情节，给玩家带来了更多的游戏体验和挑战。